Python 替换fasta文件中的整个标题行
我有一个fasta文件,其格式如下: “>somename1 ATAGCATGCATCGACTAG ACGCATCGTGAC“ “>somename2 ACGTCAGCTAGCT ACGTCAGCTGA“ 等等 我需要用另一个字符串替换标题(例如>somename1)。 我已经为我的fasta文件制作了一个字典和一个名称列表,标题应该替换为Python 替换fasta文件中的整个标题行,python,Python,我有一个fasta文件,其格式如下: “>somename1 ATAGCATGCATCGACTAG ACGCATCGTGAC“ “>somename2 ACGTCAGCTAGCT ACGTCAGCTGA“ 等等 我需要用另一个字符串替换标题(例如>somename1)。 我已经为我的fasta文件制作了一个字典和一个名称列表,标题应该替换为 Some pseudocode: for fasta in fastas: file = open(fasta, "r") for line
Some pseudocode:
for fasta in fastas:
file = open(fasta, "r")
for line in file:
if line.startwith(">"):
*line.replace(new_header)*
“*”表示我不确定该做什么。
line.replace命令似乎没有任何作用。
我是否需要让Python也编写该文件
谢谢 发布您制作字典的完整代码,您还需要写入一个文件,一个与您读取的文件不同的文件。所以我不能只替换同一文件中的字符串?我必须写一个完整的新文件?这些文件相当大,因此将所有内容写入一个全新的文件将是一项艰巨的工作,只需替换一个头文件即可。我最终使用了fileInput.input。