Python 使用grep或awk将一列拆分为多个列，标题位于原始文件标题中

我有以下输出

SRR51XXXX
5
6
7
SRR51XXYY
8
9
1
2

等等

所以每个头文件都以SRR51开头，然后是唯一的4位数字 比如

---

一种简单的bash方法：

csplit -s -z -f columns sample.txt '/^SRR51/' '{*}'
paste columns* > pivot.txt
rm columns*

这将用于根据^SRR51模式将文件拆分为单个文件，然后使用

选项卡将所有“列”分隔开来。最后，rm删除临时列文件

如果您坚持使用bsd样式的csplit，请使用：

csplit -s -f columns sample.txt '%^SRR51%' '/^SRR51/' "{$( expr $(grep -c '^SRR51') + 1)}"

如果您希望它们“对齐”，请使用
列-t
，但这不是POSIX。
awk版本：

awk '/^SRR/{r=1;c++}{a[r++,c]=$1}END{while(r>i++){while(c>j++){printf "%s\t", a[i,j]}printf "\n";j=0}}' /path/to/my/file.txt

BEGIN {
    field = -1
    row = 0
    maxrow = 0;
}

/^SRR/ {
    row = 0
    field++
}

{
    if (!width[field] || width[field] < length($0)) {
        width[field] = length($0);
    }
    a[row++,field] = $0;
    if (row > maxrow) {
        maxrow = row
    }
}

END {
    for (j = 0; j <= field; j++) {
        printf " %-"width[j]"s ", a[0,j]
    }
    printf "\n";

    for (i = 1; i < maxrow; i++) {
        for (j = 0; j <= field; j++) {
            printf(" %"width[j]"s ", a[i,j])
        }
        printf "\n";
    }
}

开始{
字段=-1
行=0
maxrow=0；
}
/^SRR/{
行=0
场++
}
{
如果（！宽度[字段]|宽度[字段]<长度（$0））{
宽度[字段]=长度（$0）；
}
a[行++，字段]=$0；
如果（行>最大行）{
maxrow=行
}
}
结束{
对于（j=0；j是来自1个文件或3个文件的输入？请描述您如何从输入到所需输出，例如，输入标题如何不显示在输出标题中（反之亦然）？为什么有3个输入标题，但只有2个输出标题？您到底“拆分”了什么（根据您文章的主题）？请查看，然后返回并更新您的问题，并提供更多详细信息输入已经有200个文件的数据以这种方式组织。每个标题以“SRR51”开头对于垂直列出的数据。我希望输出为多列，每个标题SRR513XXX..以及列表格式的相应数据。每个标题的数据是否具有固定长度？例如每个标题有3行？@user12859525所以我理解，您有一个文件，其中包含来自大约200多个文件的o/p，并且您希望重新排列这些文件ata，标题为SRR513XXX，下面是4位数字。这是您想要的吗？如果第二列比第一列长，这将不起作用[r]也不会有足够的字段，你可以考虑在开始块中初始化R，如果文件不包含任何SRR，你的初始变体有一个讨厌的bug…-在最后一行中，2应该在第二列中。这不能提供一个问题的答案。-@suiteboyapps为什么说“这并没有提供问题的答案”？它很好用get
csplit:}：重复计数错误
输出未显示包含相应数据的列。它首先显示所有标题，然后显示一个列表中的所有数字column@IlyaKharlamov使用gnu csplit而不是bsd@user12859525列由
选项卡隔开
BEGIN {
    field = -1
    row = 0
    maxrow = 0;
}

/^SRR/ {
    row = 0
    field++
}

{
    if (!width[field] || width[field] < length($0)) {
        width[field] = length($0);
    }
    a[row++,field] = $0;
    if (row > maxrow) {
        maxrow = row
    }
}

END {
    for (j = 0; j <= field; j++) {
        printf " %-"width[j]"s ", a[0,j]
    }
    printf "\n";

    for (i = 1; i < maxrow; i++) {
        for (j = 0; j <= field; j++) {
            printf(" %"width[j]"s ", a[i,j])
        }
        printf "\n";
    }
}