Python 从PDB获取所有边界长度

我想从PDB文件中获取所有边界长度

我尝试了

Bio.PDB

，但我不理解

neightrsearch

类及其方法：

search（）

和

search\u all（）

从Bio.PDB导入*
将numpy作为np导入
structure=PDBParser（）.get_结构（'Kek'，'1wba.pdb'））
atom_list=[[ufor结构中的u。获取_atoms（）]
kek=邻域搜索（原子列表）。搜索所有（2）
对于kek中的原子对：
a=原子对[0]
b=原子对[1]
距离=np.linalg.norm（np.array（a.coord）-np.array（b.coord））
打印（距离）

---

我如何解决我的任务？也许还有另一个框架——如果它工作正常，我会观察每一个变体

据我所知，您正在寻找在PDB文件中计算原子之间距离的方法。我修改了你的答案和Biostars解决方案。希望能有点帮助

导入Bio.PDB
parser=Bio.PDB.PDBParser（QUIET=True）
structures=parser.get_结构（'2rdx'，'2rdx.pdb'））
结构=结构[0]
atom_list=[[ufor结构中的u。获取_atoms（）]
ns=Bio.PDB.neightrsearch（原子列表）
_截止距离=5
对于atom_列表中的目标：
关闭\u atoms=ns.search（target.coord，\u cution\u dist）
对于close_原子中的close_原子：
打印（目标、关闭\u原子、目标-关闭\u原子）
打印（“=============”）

---

通过使用

-

操作符，您可以很容易地找到两个原子对象之间的距离。

因此，如果我理解正确，您希望找到目标原子特定距离内的所有原子吗？对所有其他原子也一样吗？@fzn不，不。我想得到原子对的列表，它们是相连的！哦，酷。看看下面我的答案。您可以将

\u cutoff\u dist

调整为您认为合适的键长<代码>关闭_原子将包含潜在连接原子的列表。这在一定程度上解决了您的问题。

neightrsearch

是否真的找到了有键的原子？neightrsearch是一个特殊的类，可以轻松搜索相邻的

原子/残基/链/模型/结构

，等等。更多信息请参考：PDB不一定包含关于附近原子是否与原子结合的信息。您必须使用键距离启发法，例如，氧原子在1.5A范围内的碳可能在它们之间有键。