biopython安装：错误：命令'；gcc&x27；失败，退出状态为1

我正试图在Macbook pro OSX 10.9.4上从源代码安装python包biopython

我在终端中运行

python setup.py build

，并收到此消息

running build
running build_py
running build_ext
building 'Bio.cpairwise2' extension
Compiling with an SDK that doesn't seem to exist: /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk
Please check your Xcode installation
gcc -DNDEBUG -g -O3 -arch x86_64 -isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk -Qunused-arguments -Qunused-arguments -I/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.4.1.1975.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7 -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.6-x86_64-2.7/Bio/cpairwise2module.o
clang: warning: no such sysroot directory: '/Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk'
In file included from Bio/cpairwise2module.c:12:
/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.4.1.1975.macosx-    x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7/Python.h:33:10: fatal error: 
  'stdio.h' file not found
#include <stdio.h>
     ^
1 error generated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1

运行构建
运行build\u py
运行build_ext
构建“Bio.cpairwise2”扩展
使用似乎不存在的SDK编译：/Developer/SDKs/MacOSX10.6.SDK
请检查您的Xcode安装
gcc-DNDEBUG-g-O3-arch x86_64-isysroot/Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk-qused arguments-qused arguments-I/Applications/Canopy.app/appdata/Canopy-1.4.1.1975.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7-c Bio/cpairwise2module.c-o build/temp.macosx-10.6-x86_64-2.7/cpairwise2module.o
警告：没有这样的sysroot目录：'/Developer/SDKs/MacOSX10.6.sdk'
在Bio/cpairwise2module.c:12中包含的文件中：
/Applications/Canopy.app/appdata/Canopy-1.4.1.1975.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7/Python.h:33:10:致命错误：
找不到“stdio.h”文件
#包括
^
生成1个错误。
错误：命令“gcc”失败，退出状态为1

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我检查了Xcode是否正确安装和工作

您应该使用

pip

。尝试：

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pip安装biopython

卸载了Canopy，一切都像一个魔咒

尝试安装Biopython版本，该版本可从Corpody“Package Manager”>“available Packages”>“Corpody Packages”获得

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这样，我似乎在安装Pyensembl时解决了一个类似的问题，它也安装了Biopython

我不这么认为，因为该线程与Python3安装相关，所以它可能重复。相反，这个问题可能与所使用的python的树冠安装有关。很可能是一个树冠bug。你试过赤裸裸的方法吗？尝试通过自制安装python/pip。