Python 生成小配体的构象，但保持正确的芳香性

我正在尝试生成一些小分子配体的构象，最终与它们对接。我使用RDkit的

embeddemultipleconfs

函数生成了一致性。然而，当随后目视检查PyMol中的构象时，我注意到RDKit没有保留芳香部分的正确角度。例如，在我的一个带有苯基团的配体中，它没有保持该基团的平面性，而是将随机角分配给该苯基团，就好像它是环己烷一样

当只装载分子时，芳香性似乎没有问题

有办法解决这个问题吗

生成符合项的部分代码：

def gen_conformers(ligandpdb, structure):
    """Generates 100 conformers for crystal ligand"""

    mol=Chem.MolFromPDBFile(ligandpdb, removeHs=True, sanitize=True)
    conf_ids=AllChem.EmbedMultipleConfs(mol, 100, numThreads=0, clearConfs=True)

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我相信您的问题可能是您正在从PDB文件读取输入。PDB文件不包含小分子的键序。最好的办法是从模板分子中指定正确的键顺序，如下所示：

smiles = 'c1ccccc1'  # benzene (replace with the SMILES for your molecule)
template = Chem.MolFromSmiles(smiles)

# Read molecule from PDB file
mol = Chem.MolFromPDBFile(ligandpdb, removeHs=True, sanitize=True)

# Assign bond orders from template
new_mol = AllChem.AssignBondOrdersFromTemplate(template, mol)

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此外，在生成构象时，最好将氢添加到分子中。

解决此问题。也请看pat的博客，它提出了相同的解决方案