Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/2/python/305.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
Python 细胞间无线条的海生热图_Python_Seaborn_Heatmap - Fatal编程技术网

Python 细胞间无线条的海生热图

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我正在尝试用seaborn创建一个带有透明彩色贴图的热图,因为图像应该显示在背景中。到目前为止,热图创建工作正常,但是单元格之间的一些线仍然可见,即使热图的线宽设置为0.0

创建热图的代码如下所示:

ax = sns.heatmap(image, cmap="rocket_r", linewidths=0.0)
ax.collections[0].set_alpha(0.5)
其中,
image
是64x64 numpy数组。生成的热图如下所示: (抱歉,没有足够的声誉来嵌入图片)

问题在于细胞之间的细线。奇怪的是,它们并不在每一个边缘

有人知道如何摆脱那些台词吗

非常感谢


更新1(完整的工作示例):

结果是这张热图:


在这里,您可以看到每列之间都有细线,但第一行和第二行之间没有任何线。

这些线是半透明面片的重叠,无法在像素网格上完全对齐

α混合 一个选项是不使用透明度,而是使用alpha混合创建不透明颜色

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.colors import ListedColormap
import numpy as np
import seaborn as sns

def get_alpha_blend_cmap(cmap, alpha):
    cls = plt.get_cmap(cmap)(np.linspace(0,1,256))
    cls = (1-alpha) + alpha*cls
    return ListedColormap(cls)

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
ax = sns.heatmap(image, cmap=get_alpha_blend_cmap("rocket_r", 0.5), linewidths=0.0)

plt.show()

这样做的一个明显优点是,颜色栏的颜色与热图的颜色相同

增加dpi 如果以上不是一个选项,您可以在保存时增加dpi

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import seaborn as sns

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
ax = sns.heatmap(image, cmap="rocket_r", linewidths=0.0, edgecolor="none", alpha=0.5)
plt.savefig("test.png", dpi=1000)

当然,这对屏幕上显示的图形没有任何影响

显示图像

最后,考虑不要在这里使用SaBRAN,而是MaMattLIB <代码> IMSID Trime.

import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
plt.style.use("seaborn-dark")
plt.rcParams["axes.facecolor"] = "white"
import numpy as np

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
im = plt.imshow(image, cmap="rocket_r", alpha=0.5)
plt.colorbar(im)
plt.gca().set(xticks=(range(image.shape[1])),yticks=(range(image.shape[0])))
plt.show()

你能用完整的代码创建一小部分数据吗?@ScottBoston我刚刚添加了一个工作代表代码示例,在这里你可以看到一些行被创建了,而其他行没有。谢谢你的解决方案。它会根据需要删除不需要的行。然而,我遇到了下一个问题。如第一个问题所述,我试图在背景中显示图像(.png,借助
plt.imshow()
)。因此,热图需要是透明的。但是,对于不透明颜色,背景不可见。我通过将图像移动到前景并给它一个alpha值来“修复”这个问题。但是颜色贴图不再匹配真实的颜色。可以用同样的方法修改颜色栏吗?或者有没有其他方法可以解决这个问题?我在答案中添加了另外两个选项。非常感谢。这两种解决方案对我来说都很好。不过,我还是要坚持使用seaborn(第二种解决方案),因为它的外观稍微干净一点。你说的“干净”是什么意思?在最后一个解决方案中,所有不干净边的问题都消失了?!matplotlib解决方案的问题是颜色贴图中的水平线。我现在已经设法把它们移走了。我的最终解决方案如下:1。使用第一个选项绘制热图,并根据混合颜色2添加颜色图。清除图3的轴。使用选项3绘制热图,但不按照此步骤创建热图,将得到我想要的精确输出。
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
plt.style.use("seaborn-dark")
plt.rcParams["axes.facecolor"] = "white"
import numpy as np

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
im = plt.imshow(image, cmap="rocket_r", alpha=0.5)
plt.colorbar(im)
plt.gca().set(xticks=(range(image.shape[1])),yticks=(range(image.shape[0])))
plt.show()