如何在一个目录中的多个文件上传递Biopython SeqIO.convert（）？

我正在编写一个python脚本（版本2.7），将指定目录中的每个输入文件（.nexus格式）更改为.fasta格式。Biopython模块SeqIO.convert可以完美地处理单独指定文件的转换，但当我尝试使用os.walk在目录上自动执行转换过程时，我无法将每个输入文件的路径名正确传递给SeqIO.convert。我哪里做错了？是否需要使用os.path模块中的join（）并将完整路径名传递给SeqIO.convert

    #Import modules
    import sys
    import re
    import os
    import fileinput

    from Bio import SeqIO

    #Specify directory of interest
    PSGDirectory = "/Users/InputDirectory”
    #Create a class that will run the SeqIO.convert function repeatedly
    def process(filename):
      count = SeqIO.convert("files", "nexus", "files.fa", "fasta", alphabet= IUPAC.ambiguous_dna)
    #Make sure os.walk works correctly
    for path, dirs, files in os.walk(PSGDirectory):
       print path
       print dirs
       print files

    #Now recursively do the count command on each file inside PSGDirectory
    for files in os.walk(PSGDirectory):
       print("Converted %i records" % count)
       process(files)      

运行脚本时，我收到以下错误消息：

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“nexus_to_fasta.psg”，第45行，在
打印（“已转换的%i条记录”%count）
名称错误：未定义名称“计数”

非常有用，但我不知道在哪里插入join（）函数语句。

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谢谢你的帮助

发生了一些事情

首先，进程函数没有返回“count”。您可能想要：

def process(filename):
   return seqIO.convert("files", "nexus", "files.fa", "fasta", alphabet=IUPAC.ambiguous_dna) 
   # assuming seqIO.convert actually returns the number you want

另外，当您在os.walk（PSGDirectory）中为文件编写

时，您操作的是os.walk返回的三元组，而不是单个文件。您希望执行以下操作（注意os.path.join的使用）：

更新：

因此，我查看了seqIO.convert的文档，并希望通过以下方式调用它：


in_文件-输入句柄或文件名
in_格式-输入文件格式，小写字符串
输出文件-输出句柄或文件名
输出格式-输出文件格式，小写字符串
字母表-要假定的可选字母表

in_file是要转换的文件的名称，最初您只是用“files”调用seqIO.convert

因此，您的流程函数应该是这样的：

def process(filename):
    return seqIO.convert(filename, "nexus", filename + '.fa', "fasta", alphabet=IUPAC.ambiguous_dna)

顺便说一句，如果seqIO没有返回任何东西（它可能只是转换一个文件），您可以只写进程（完整路径），同时知道len（文件）会告诉您处理了多少文件。这非常有帮助！但我仍然会遇到这个错误：
Traceback（最近一次调用最后一次）：文件“nexus_to_fasta.psg”，第41行，打印过程中（完整路径）文件“nexus_to_fasta.psg”，第35行，过程中返回SeqIO.convert（“files”，“nexus”，“files.fa”，“fasta”，alphabet=IUPAC.dna）文件“/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site packages/Bio/sekio/uu init_uu.py”，第899行，在convert in_handle=open（in_file，“rU”）IOError:[Errno 2]没有这样的文件或目录：“files”
这个错误来自于调用convert的方式；我在查看了sekio.convert的文档后更新了答案。
def process(filename):
    return seqIO.convert(filename, "nexus", filename + '.fa', "fasta", alphabet=IUPAC.ambiguous_dna)