Python 将数组转换为Numpy数组可更改值
我正在使用RDKit软件包将一些微笑转换成指纹 我的问题是,我使用Scikit学习,我想做一份简历。对于CV,我需要np.array数据结构。。。 对于一种指纹,我将数据结构转换为0和1的结构。 这里只是一个武断的例子 打印x: 包含大量以下内容的车辆: 将创建位于0x05E498F0的rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect对象对象 x=np.数组(x) 打印x:将创建1和0的向量 我不知道为什么numpy数组转换,改变类型 对于位于0x05DDF960的rdkit.DataStructs.CDATA Structs.LongSparseIntVect对象 numpy将向量更改为相同的结构 我只是问,因为从4个指纹中的2个,我得到了这个错误,因为numpy转换: AttributeError:'numpy.ndarray'对象没有属性'GetNumBits' 指纹摩根Python 将数组转换为Numpy数组可更改值,python,scikit-learn,rdkit,Python,Scikit Learn,Rdkit,我正在使用RDKit软件包将一些微笑转换成指纹 我的问题是,我使用Scikit学习,我想做一份简历。对于CV,我需要np.array数据结构。。。 对于一种指纹,我将数据结构转换为0和1的结构。 这里只是一个武断的例子 打印x: 包含大量以下内容的车辆: 将创建位于0x05E498F0的rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect对象对象 x=np.数组(x) 打印x:将创建1和0的向量 我不知道为什么numpy数组转换,改变类型 对于位于0x05
from rdkit import DataStructs
from rdkit.Chem.Fingerprints import FingerprintMols
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit import Chem
from rdkit import DataStructs
from rdkit.Chem import MACCSkeys
import numpy as np
ms = [Chem.MolFromSmiles('CCOC'), Chem.MolFromSmiles('CCO'),Chem.MolFromSmiles('COC')]
fps = [MACCSkeys.GenMACCSKeys(x) for x in ms]
a=DataStructs.FingerprintSimilarity(fps[0],fps[1])
#everything is fine
print fps
print a
# output: [<rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect object at 0x0325CE30>, <rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect object at 0x0325CE68>, <rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect object at 0x0325CEA0>]
#now the error occures
fps=np.array(fps)
print fps
#output: [[0 0 0 0 1 0 1 .....] [1 0 0 0 1...0 1] [1 0 0 .... 1 1]
a=DataStructs.FingerprintSimilarity(fps[0],fps[1])
#AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'GetNumBits'
从rdkit导入数据结构
从rdkit.Chem.Fingerprints导入指纹
从rdkit.Chem导入所有化学
来自rdkit进口化学公司
从rdkit导入数据结构
从rdkit.Chem导入MACCSkeys
将numpy作为np导入
ms=[Chem.MolFromSmiles('CCOC')、Chem.MolFromSmiles('CCO')、Chem.MolFromSmiles('COC')]
fps=[MACCSkeys.GenMACCSKeys(x)表示x,单位为ms]
a=数据结构。指纹相似性(fps[0],fps[1])
#一切都很好
打印fps
打印
#输出:[,]
#现在出现了错误
fps=np.数组(fps)
打印fps
#输出:[[0 0 0 1 0 1….][1 0 0 1…0 1][1 0 0…1 1]
a=数据结构。指纹相似性(fps[0],fps[1])
#AttributeError:'numpy.ndarray'对象没有属性'GetNumBits'
吕肯博士,你喜欢贝利比奇的味道。
打印fps你能把你目前拥有的东西做一个简单的描述,然后展示你期望得到的东西吗?我很难理解你想要做什么,但从你最后的一句话来看,我想你没有按预期使用这个库。我试过了。也许这会有助于理解我的意思。我用不同的方式解决了这个问题,但谢谢你u!下次我将以更好的方式解释,也许您可以添加您找到的解决方案(或替代路线)然后,你也可以接受你自己的答案,从而将这个问题标记为已解决,并为将来可能会遇到类似于你所经历的事情的人留下一个提示。事实上,我没有解决这个问题,我只是采取另一种方式,来避免这种转换,所以它不是r这个问题的答案是什么?你能对你目前拥有的东西做一个简单的描述,然后展示你期望得到的东西吗?我很难理解你想要做什么,但从你的最后一句话来看,我想你没有按预期使用这个库。我试过了。也许这将有助于理解我的意思。我用不同的方式解决了这个问题好的,但谢谢!下次我会用更好的方式解释,也许你可以添加你找到的解决方案(或替代路线)然后,你也可以接受你自己的答案,从而将这个问题标记为已解决,并为将来可能会遇到类似于你所经历的事情的人留下一个提示。事实上,我没有解决这个问题,我只是采取另一种方式,来避免这种转换,所以它不是r这个问题有答案吗