Python 删除字符串中的字符从包含原始字符的列表中替换为其他字符

这应该是模拟突变。我不明白如何选择一个不同的基（来自TCAG），以确保基确实发生了变化，正如doctype所提到的那样

编辑：

上述代码的另一个版本具有相同的功能：

from random import randint

def replace_base_randomly_using_names(base_seq):
    """Return a sequence with the base at a randomly selected position of base_seq
    replaced by a base chosen randomly from the three bases that are not at that
    position."""
    position = randint(0, len(base_seq) - 1) # −1 because len is one past end
    base = base_seq[position]
    bases = 'TCAG'
    bases.replace(base, '') # replace with empty string!
    newbase = bases[randint(0,2)]
    beginning = base_seq[0:position] # up to position
    end = base_seq[position+1:] # omitting the base at position
    return beginning + newbase + end

---

需要明确的是，我的问题是如何用不同的基替换基？

字符串在python中是不可变的，您应该重新分配从

基返回的字符串。replace（base“”）

到

基

def replace_base_randomly(base_seq):
    position = randint(0, len(base_seq) - 1)
    bases = 'TCAG'.replace(base_seq[position], '')
    return (base_seq[0:position] +
            bases [randint(0,2)] +
            base_seq[position+1:])

---

行

bases.replace（base'，）

实际上不会更改

bases

字符串。要更改

base

字符串，必须设置

base=base.replace（base.）

。自己测试一下

bases = bases.replace(base, '')

---

从这里开始，现在可能的碱基列表已经减少到只有突变的碱基，函数随机选择一个碱基与

碱基[randint（0，2）]

，并将其附加到新序列中。

考虑将print语句交错到代码中，您可以看到它在做什么。以下是算法：

• 在字符串中选择一个随机索引。另存为“位置”
• 将该索引处的字符另存为“base”
• 在列表“TCAG”中，将字符“base”替换为空字符串，并将该列表另存为“base”（这样它将包含索引“position”中不包含的每个base）
• 从“基础”中选择一个随机字符，并将该字符另存为“新基础”。（因此，它将是移除最初随机拾取的基础后剩下的三个基础之一。）
• 返回三个字符串的串联：原始字符串到但不包括“position”、“newbase”，以及原始字符串到但不包括“newbase”

---

它不编辑字符串——它从旧字符串的两部分加上新的基创建一个新字符串，并返回该字符串。

我不懂……代码可以工作；我只是不知道怎么做。具体请参见

newbase

行。假设我们有一个ATTGC序列。选择要更换的位置3（G）。代码如何确保位置3成为A、T或C？但我上面的代码确实有效；它每次都用其他三个基中的一个替换一个随机基。它用于替换

G

s，因为

newbase=bases[randint（0,2）]

只是从

bases[0:3]=“TCA”

中选择一个随机基。如果您在底部为

T

的另一个位置尝试代码。我保证，如果您在尝试替换

T

时运行它100次，它有时会将

T

替换为

T

。这不是真的。我已经运行过几次了；每次用不同的基替换随机基时（除其自身外，即a不替换为a）。试试看：

使用名称（“attgccgtaatgccgta”）随机替换\u base\u。

我做到了。你的第三点让它点击。谢谢。

bases = 'ACGT'
base = 'A'
print bases #prints 'ACGT'
bases.replace(base, '')
print bases #prints 'ACGT'
bases = bases.replace(base, '')
print bases #prints 'CGT'