Python rpy2无法加载外部库

希望有人能帮上忙

R版本：2.14.1
rpy2版本：2.2.5
python版本：2.7.3

一直在尝试在python脚本中使用rpy2加载rJava作为依赖项的R venneuler包。venneuler和rJava都成功地从R环境中加载。其他R库，如“stats”、“car”等，可以使用rpy2中的importr在python中加载

Python代码：

 >from rpy2 import robjects  
 >from rpy2.robjects.packages import importr  
 >venn=importr('venneuler')

这会产生以下错误：

Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘venneuler’
Error in .Primitive("as.environment")("package:venneuler") : 
  no item called "package:venneuler" on the search list
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/packages.py", line 117, in importr
    env = _as_env(rinterface.StrSexpVector(['package:'+name, ]))
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in .Primitive("as.environment")("package:venneuler") : 
  no item called "package:venneuler" on the search list

得到以下错误

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.14/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Error in .Primitive("as.environment")("package:rJava") : 
  no item called "package:rJava" on the search list
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/packages.py", line 117, in importr
    env = _as_env(rinterface.StrSexpVector(['package:'+name, ]))
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in .Primitive("as.environment")("package:rJava") : 
  no item called "package:rJava" on the search list

错误：。在“rJava”的loadNamespace（）中onLoad失败，详细信息：
调用：dyn.load（文件，DLLpath=DLLpath，…）
错误：无法加载共享对象“/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.14/rJava/libs/rJava.so”：
libjvm.so:无法打开共享对象文件：没有此类文件或目录
.Primitive（“as.environment”）（“包：rJava”）中出错：
搜索列表中没有名为“package:rJava”的项目
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“”，第1行，在
文件“/usr/lib/python2.7/dist packages/rpy2/robjects/packages.py”，importr中的第117行
env=_as_env（rinterface.strexpvector（['package:'+name，]））
rpy2.rinterface.rrontimeerror:在.Primitive（“as.environment”）（“包：rJava”）中出错：
搜索列表中没有名为“package:rJava”的项目

当我选中“/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.14/rJava/libs/rJava.so”时，它存在并且似乎正确链接到java动态库（例如ldd rJava.so）

---

关于如何解决这个问题有什么想法吗？

我也遇到了同样的问题，并通过堆栈溢出寻找了几个答案。在这里，我终于找到了答案：

试着跑

R CMD javareconf -e

没有sudo或任何东西，就像普通用户一样，然后尝试加载库

让我知道它是否有效。对我来说是这样的

---

干杯

我打赌，通过以下尝试，您的错误将消失：

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('rJava')

---

现在您可以用python编译r代码，但请确保使用上述尝试安装r依赖项。希望这对你有用。

你能直接从R中加载rJava吗？魔法，它对我有用！有人能解释发生了什么吗？？？@Belter-e标志导出“所有检测到的变量”。因此，所有关于

LD_LIBRARY_PATH

和

JAVA_HOME

的类似答案都可以一下子得到解决（当然，前提是javareconf一开始工作就足够愉快）。

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('rJava')