Python 寻找手性中心

对于某些分子和反应，似乎在应用反应后，smiles中可能找不到手性中心

对一个分子进行一些反应后，我得到的是这样的微笑：

C[C]（C）[C]1[CH+]/C=C（\\C）CC/C=C（\\C）CC1

它实际上似乎在碳3中有一个手性中心。如果我使用

Chem.findMolchiralCenter（n，force=True，includeUnassigned=True）

我得到一个空列表，这意味着没有手性中心

问题是，如果我把H加到碳3中，它就变成了手性中心，但它的类型是未赋值的（R或S）。我尝试使用

Chem.AddHs（mol）

添加Hs，然后再次尝试

Chem.findMolchiralCenter（）

，但没有得到任何手性中心

我想知道是否有一种方法可以识别这个手性中心，即使它们不加H，并按照某种规则设置合适的手性标记

在对我的初始摩尔（

Chem.mol（'C/C1=C\\C）施加两个1,2氢化物位移后[C@H]（[C+]（C）C）CC/C（C）=C/CC1'））

我得到了前面提到的微笑。考虑到我有一些初始的手性标签，我想知道是否有一种方法可以恢复反应后失去的手性

用于1,2氢化物移位的智能体：

[Ch:1]-[C+1:2]>>[C+1:1]-[Ch+0:2]

mol = Chem.MolFromSmiles('C/C1=C\\C[C@H]([C+](C)C)CC/C(C)=C/CC1')
rxn  = AllChem.ReactionFromSmarts('[Ch:1]-[C+1:2]>>[C+1:1]-[Ch+0:2]')
products = list()
for product in rxn.RunReactant(mol, 0):
    Chem.SanitizeMol(product[0])
    products.append(product[0])
print(Chem.MolToSmiles(products[0]))

在将这种反应应用于产品两次后，我最终得到了这个微笑

Output:
'C[C](C)[C]1[CH+]/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1'

这实际上是碳3中的手性中心

---

有什么想法吗？或者我应该把它报告为bug吗？

这不是bug。我认为您没有指定希望在

moltomiles

函数中使用规范的微笑。因此，当我尝试：

mol = Chem.MolFromSmiles('C/C1=C\\C[C@H]([C+](C)C)CC/C(C)=C/CC1')
rxn  = AllChem.ReactionFromSmarts('[Ch:1]-[C+1:2]>>[C+1:1]-[Ch+0:2]')
products = list()
for product in rxn.RunReactant(mol, 0):
    Chem.SanitizeMol(product[0])
    products.append(product[0])
print(Chem.MolToSmiles(products[0]))
Chem.MolToSmiles(ps[0][0])

我得到了与你完全相同的结果：

'C[C](C)[CH+]1CC=C(C)CCC=C(C)CC1'
'CC1=CC[CH](CCC(C)=CCC1)=C(C)C'

但是当你用这个的时候：

Chem.MolToSmiles(ps[0][0], True)

您可以获得以下结果：

'CC(C)=[C@H]1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1'

---

这不是一个bug。我认为您没有指定希望在

moltomiles

函数中使用规范的微笑。因此，当我尝试：

mol = Chem.MolFromSmiles('C/C1=C\\C[C@H]([C+](C)C)CC/C(C)=C/CC1')
rxn  = AllChem.ReactionFromSmarts('[Ch:1]-[C+1:2]>>[C+1:1]-[Ch+0:2]')
products = list()
for product in rxn.RunReactant(mol, 0):
    Chem.SanitizeMol(product[0])
    products.append(product[0])
print(Chem.MolToSmiles(products[0]))
Chem.MolToSmiles(ps[0][0])

我得到了与你完全相同的结果：

'C[C](C)[CH+]1CC=C(C)CCC=C(C)CC1'
'CC1=CC[CH](CCC(C)=CCC1)=C(C)C'

但是当你用这个的时候：

Chem.MolToSmiles(ps[0][0], True)

您可以获得以下结果：

'CC(C)=[C@H]1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1'

---

我现在没有能力尝试这一点，但您是否尝试过在reaction smarts产品中指定手性？我现在没有能力尝试这一点，但您是否尝试过在reaction smarts产品中指定手性？