Bash while循环调用Python脚本

我想在Bash while循环中调用Python脚本。但是，我不太了解如何恰当地使用Bash的while循环（可能还有变量）语法。我正在寻找的行为是，当文件仍然包含行（DNA序列）时，我调用Python脚本来提取序列组，以便另一个程序（dialign2）可以对齐它们。最后，我将路线添加到结果文件中。注意：我并没有试图迭代该文件。为了使Bash-while循环工作，我应该更改什么？我还想确保while循环将重新检查每个循环上不断变化的file.txt文件。以下是我的尝试：

#!/bin/bash
# Call a python script as many times as needed to treat a text file

c=1
while [ `wc -l file.txt` > 0 ] ; # Stop when file.txt has no more lines
do
    echo "Python script called $c times"
    python script.py # Uses file.txt and removes lines from it
    # The Python script also returns a temp.txt file containing DNA sequences
    c=$c + 1
    dialign -f temp.txt # aligns DNA sequences
    cat temp.fa >>results.txt # append DNA alignements to result file
done

---

谢谢

尝试

-gt

删除shell元字符

>

while [ `wc -l  file.txt`  -gt 0 ]
do
    ...
    c=$[c + 1]
done

---

不知道你为什么要这么做

c=1
while [[ -s file.txt ]] ; # Stop when file.txt has no more lines
do
    echo "Python script called $c times"
    python script.py # Uses file.txt and removes lines from it
    c=$(($c + 1))
done

---

以下内容应满足您的要求：

#!/bin/bash

c=1
while read line; 
do
    echo "Python script called $c times"
    # $line contains a line of text from file.txt
    python script.py 
    c=$((c + 1))
done < file.txt

---

@OP如果您想循环文件，只需使用whileread循环即可。此外，您没有使用变量$c以及行。是否将每一行都传递给Python脚本？或者只要遇到一行代码就调用Python脚本？（如果你这样做，你的脚本会变慢）

---

---

您可能需要更清楚地了解目前不起作用的内容…

wc-l file.txt

将返回类似于

100 file.txt

，如果您确实想使用wc，则需要提取数字。例如，

wc-l file.txt | cut-f1-d''

为什么不从Python脚本调用Python？原因是我需要使用另外两个程序，dialign2（对齐DNA序列）和cat（将对齐结果附加到结果文件）。我不习惯用Python和bash来称呼这些，因为它们似乎是一个自然的选择。另外，我正在学习一些bash编程，我想把它们放在一个小脚本的上下文中。你的代码（非常奇怪，顺便说一句）给我们提供了一些关于你实际想做什么的信息。您可以粘贴一个数据示例（输入和输出）。

-s file

如果该文件存在且大小大于零，则为True。您只需注意python脚本不会留下任何尾随换行符或其他内容。关于此问题，有很多问题会提醒您注意。我很难想象为什么一个没有参数的python脚本需要被bash多次调用。谢谢，这对我来说完全是个窍门。我想这样做的原因（如果你看到更好的方法，建议另一种方法）是使用程序“dialign2”递归地对齐DNA序列，同时选择每次与Python脚本对齐的序列，并从输入文本文件（fasta格式）中删除这些序列以进行另一次传递。选择要对齐的序列是基于名称的一部分，我觉得在Python中这样做很舒服。再次感谢！我在代码中添加了详细信息，以进一步说明我正在尝试做什么。不需要cat with while loopHi，我不只是尝试迭代一个文件的行，而是在每个过程中创建另一个临时文件供另一个程序使用，直到原始文件为空。我补充了问题的细节。Cheers@ghostdog74：是的。但如果您在读取xwhile（（））中使用

进行这样的整数比较：

while（$（wc-l0））

（我从ghostdog74学到了使用

wc

进行重定向，它消除了文件名并只返回计数。）你不需要扫描整个文件来知道它是否是空的

-s

当然会工作，因为（只是为了好玩）

grep-lv'^*$'file.txt>/dev/null

会检测（并在之后停止）第一个非空行——对于一个有一个或多个非空行的文件，状态为1，对于所有其他情况（包括空/零字节文件），状态为0，谢谢，但我不尝试循环浏览文件。我在原来的问题上增加了细节。是的。您正在file.txt上使用wc-l和while循环，这意味着您正在迭代一个文件。唯一的区别是您是否要使用迭代的line变量。我只是尝试使用文件的一个特征（即文件中仍然包含信息）作为继续在其上使用Python脚本的标准。我猜“wc”函数正在迭代文件。这就是你的意思吗？是的，这就是我的意思。因为您正在检查行数

myfile = open('file.txt', 'r')

for count, line in enumerate(myfile):
    print '%i lines in file' % (count + 1,)
    # the variable "line" contains the line of text from the file.txt 

    # Do your thing here.

while true
do
    while read -r line
    do
       # if you are taking STDIN in myscript.py, then something must be passed to
       # myscript.py, if not i really don't understand what you are doing.

       echo "$line" | python myscript.py > temp.txt
       dialign -f temp.txt # aligns DNA sequences
       cat temp.txt >>results.txt
    done <"file.txt"
    if [ ! -s "file.txt" ]; break ;fi
done  

f=open("file.txt"):
for line in f:
    print "do something with line"
    print "or bring what you have in myscript.py here"
f.close()