Python 索引器错误：列表索引超出范围，不确定原因

我想让程序做的是获取与特定条形码相关的序列，并执行定义的功能（序列的平均长度和标准偏差，减去条形码和非相关的txt，由相同的条形码标识）。我写了一些类似的东西，并基于类似的程序，但我不断得到一个索引器。我们的想法是，所有带有第一个条形码的序列将被处理为barcodeCounter=0，第二个为barcodeCounter=1，以此类推。希望这是足够的信息，抱歉，如果它很混乱

输入：

import sys
import math

def avsterr(x):
        ave = sum(x)/len(x)
        ssq = 0.0
        for y in x:
                ssq += (y-ave)*(y-ave)
        var = ssq / (len(x)-1)
        sdev = math.sqrt(var)
        stderr = sdev / math.sqrt(len(x))

        return (ave,stderr)

barcode = sys.argv[1]
sequence = sys.argv[2]
lengths = []
toprocess = []
b = open(barcode,"r")
barcodeCounter = 0
for barcode in b:
        barcodeCounter = barcodeCounter + 1
        barcode = barcode.strip()
        print "barcode: %s" %  barcode
        handle = open(sequence, "r")
        for line in handle:
                print line
                seq = line.split(' ',1)[-1].strip()
                print "seq: %s" % seq
                potential_barcode = seq[0:len(barcode)]
                print "something"
                if potential_barcode == barcode:
                        print "Checking sequences"
                        outseq = seq.replace(potential_barcode, "", 1)
                        outseq_length = [len(outseq)]
#                       toprocess.append("")
#                       toprocess[barcodeCounter] += outseq.strip
                        toprocess[barcodeCounter].extend(outseq.strip)   #IndexError/line40
#                       toprocess[barcodeCounter] = toprocess[barcodeCounter] + outseq.strip
                        print "outseq: %s" % outseq
                        print "Barcodes to be processed: %s" % toprocess[barcodeCounter]
                        print "BC: %i" % barcodeCounter
        handle.close()
b.close()
one = len(toprocess[0])
#two = lengths[2]
#three = lengths[3]
print one
#(av,st) = avsterr(lengths)
#print "%f +/- %f" % (av,st)

输出：

barcode:ATTAG
S01 ATTAGAAAAAAA
seq:ATTAGAAAAAAA
某物
检查序列
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/FinalProject.py”，第40行，在
toprocess[barcodeCounter].extend（outseq.strip）
索引器：列表索引超出范围

这就是我所依据的代码

sequenceCounter = -1
for line in handle:
        if line[0] == ">":
                sequenceCounter = sequenceCounter + 1
#               print "seqid %s\n" % line
                seqidList.append(line)
                seqList.append("")
        if line[0] != ">":
                seqList[sequenceCounter] = seqList[sequenceCounter] + line.strip()

编辑： 添加了枚举函数并注释掉了barcodeCounter内容

barcode = sys.argv[1]
sequence = sys.argv[2]
lengths = []
toprocess = []
b = open(barcode,"r")
#barcodeCounter = -1
for barcodeCounter, barcode in enumerate(b):
#       barcodeCounter = barcodeCounter + 1
        barcode = barcode.strip()
        print "barcode: %s" %  barcode
        handle = open(sequence, "r")
        for line in handle:
                print line
                seq = line.split(' ',1)[-1].strip()
                print "seq: %s" % seq
                potential_barcode = seq[0:len(barcode)]
                print "something"
                if potential_barcode == barcode:
                        print "Checking sequences"
                        outseq = seq.replace(potential_barcode, "", 1)
                        outseq_length = [len(outseq)]
                        toprocess.append("")
#                       toprocess[barcodeCounter] += outseq.strip
                        toprocess[barcodeCounter].append(outseq.strip) #AttributeError line 40
#                       toprocess[barcodeCounter] = toprocess[barcodeCounter] + outseq.strip
                        print "outseq: %s" % outseq
                        print "Barcodes to be processed: %s" % toprocess[barcodeCounter]
                        print "BC: %i" % barcodeCounter
        handle.close()
b.close()

新错误：

barcode:ATTAG
S01 ATTAGAAAAAAA
seq:ATTAGAAAAAAA
某物
检查序列
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/FinalProject.py”，第40行，在
toprocess[barcodeCounter]。追加（outseq.strip）
AttributeError:“str”对象没有属性“append”

没有问题的代码：

barcode = sys.argv[1]
sequence = sys.argv[2]
lengths = []
toprocess = []
b = open(barcode,"r")
#barcodeCounter = -1
for barcodeCounter, barcode in enumerate(b):
#       barcodeCounter = barcodeCounter + 1
        barcode = barcode.strip()
        print "barcode: \n%s\n" %  barcode
        handle = open(sequence, "r")
        for line in handle:
                print line
                seq = line.split(' ',1)[-1].strip()
                print "seq: %s" % seq
                potential_barcode = seq[0:len(barcode)]
#               print "something"
                if potential_barcode == barcode:
                        print "Checking sequences"
                        outseq = seq.replace(potential_barcode, "", 1)
                        outseq_length = [len(outseq)]
                        toprocess.append("")
                        toprocess[barcodeCounter] = toprocess[barcodeCounter] + outseq

---

@谢谢你的帮助。有时候（大多数时候）在编程方面，我不是最聪明的。我还必须改变添加新序列的方式，因为它们是

str

而不是

list

这里实际上有两个问题

---

首先，从1开始计算，而不是从0开始。在

0

处启动

barcodeCounter

，然后在使用它之前递增它。这意味着，如果您有3个条形码，您将尝试设置

toprocess[1]

，然后

toprocess[2]

，然后

toprocess[3]

，最后一个将是

索引器

请注意，基于它的代码以
sequenceCounter=-1
开始，而不是以
0
开始，以避免此问题

但是，有一个更简单的解决方案：使用
enumerate
为您进行计数：

for barcodeCounter, barcode in enumerate(b):

不需要记住是从-1、0还是1开始，或者从何处开始递增，或者任何这些；它只会自动获取0、1、2等数字，直到
len（b）-1


第二，即使正确计数，
toprocess
的大小也与
b
的大小不同。事实上，它是完全空的，所以
toprocess[任何东西]
总是会引发异常

要将新值追加到
列表的末尾
，请调用
追加
方法：

toprocess.append(…)

再次注意，在执行
seqList[sequenceCounter]=
之前，您所基于的代码总是执行
seqList.append（“”
）。（请注意，有时它会添加
并递增
sequenceCounter
，有时两者都不做，并使用前面的
sequenceCounter
值分配给
seqList[sequenceCounter]
）您必须执行等效操作。
代码

listVariable[indexNumber]

专门用于访问列表变量中已存在的内容。您给它的数字告诉Python您要查找列表的哪一部分。值得注意的是，列表从0开始计数，而不是从1开始计数。因此，以下代码：

list = ["a","b","c","d"]
print list[0]
print list[3]
print list[1]
print list[-1]

将导致打印

a #index 0
d #index 3
b #index 1
d #index -1

（一个负指数实际上从末尾算起，所以-1表示d，-2表示c）

索引器是指当您给出一个列表中没有存储的数字时发生的情况。如果我试图调用列表[4]，我会得到一个索引错误，因为它不存在，就像我试图调用一个不存在的变量一样

与字典不同，您不能通过提供不存在的索引来设置列表值。您需要使用像append或extend这样的方法，但不需要使用给定索引然后调用extend函数的方法。严格地说

list[3].append("e")

正在告诉Python获取列表[3]中存储的值并在其上附加一个“e”，而不是整个列表本身

list.append("e")

这就是将e添加到我的列表中的原因。
对不起，我以为我输入的所有内容都正确，但修复了它的错误，即直截了当，但您得到了一个索引器，因为您不知道列表在python中是如何工作的。您将
toprocess
初始化为空列表，然后尝试使用
toprocess[barcodeCounter]
访问其不存在的元素，然后再将任何内容放入列表中。你到底希望发生什么？布伦特很好，我不太明白列表是如何工作的。我希望在列表中添加一些内容。条形码文件的内容是什么？您可能需要阅读教程或类似的内容。如果这还不足以完全理解代码所基于的代码，请阅读更多内容或提出问题。在您真正理解其他人的代码之前，不要尝试编写与其他人的代码具有相同功能的代码。@l4mpi:他在这两个方面都有问题。他试图复制的代码附加值，然后覆盖它们，从0开始计数。他不是先追加，而是从1开始计算，他必须解决这两个问题，否则他将得到
索引器
s；仅仅修复一个是不行的。因此，使用枚举函数将不需要barcodeCounter=barcodeCounter+1并将barcodeCounter设置为-1？@slick1092:是的，完全正确。但是，同样，您需要解决第二个问题以及第一个问题，一旦您解决了第二个问题，您甚至可能不再需要
barcodeCounter
…我按照您的建议添加了
enumerate
函数。我以前使用过
.append
，但是我得到了一个属性错误，这就是我尝试
.extend
的原因。我相信我仍然需要
条形码计数器
，因为我需要能够识别序列