Python 获取前10个BLAST结果序列
我想得到前10名的爆炸结果序列只是序列,没有对齐或得分或e值等。我输入一个文本文件包含5个fasta文件。所以我的输出应该是每个fasta文件的前10个爆炸点击量。。因此,我的输出文件将有50个序列 我通过Bio.SeqIO读取每个输入fasta文件,将其作为temp.faa写入,然后通过子流程将其作为Python 获取前10个BLAST结果序列,python,sequence,biopython,blast,ncbi,Python,Sequence,Biopython,Blast,Ncbi,我想得到前10名的爆炸结果序列只是序列,没有对齐或得分或e值等。我输入一个文本文件包含5个fasta文件。所以我的输出应该是每个fasta文件的前10个爆炸点击量。。因此,我的输出文件将有50个序列 我通过Bio.SeqIO读取每个输入fasta文件,将其作为temp.faa写入,然后通过子流程将其作为 blastp -db nr -query temp.faa -out out.faa -evalue 0.001 -gapopen 11 -gapextend 1 -matrix BLOSUM6
blastp -db nr -query temp.faa -out out.faa -evalue 0.001 -gapopen 11 -gapextend 1 -matrix BLOSUM62 -remote -outfmt 2
输出有许多其他信息。我应该现在解析这个输出,还是有更好的方法
谢谢
p.S XML可能是一种方法,但我没有找到相关的NCBIXML解析器语法。BioStar StackExchange上的解决方案:
BioStar StackExchange解决方案: