Python 从networkx中的文件读取具有pos属性的节点

我是Networkx的新手。我有一个包含节点位置的文件，格式如下

0:23.23 12.23

其中

0

是节点，

23.23

和

12.23

分别是X坐标和Y坐标。 是否有人知道如何使用

read\u edgelist（…）

或类似的解决方法来读取具有

pos

属性的节点

---

感谢使用

read_edgelist

，您假设已经存在一个边缘列表。但是，您提供的是节点+属性

由于您从具有文件格式（在注释中声明）的文件开始，第一个挑战是将其转换为易于解析的格式。出于这个原因，我建议使用CSV文件格式。要对您的文件执行此操作，我将启动终端（Linux和Mac），

cd

，将您的文件放入目录中，并运行以下两个命令：

sed -n 's/ : /,/gpw nodes_replaced1.txt' nodes.txt

这将读取

节点.txt

（或您的文件），将所有出现的

：

（包括空格）替换为

，

，并将其保存为

节点\u replaced1.txt

。您可以随意更改文件名

完成后，在终端中运行以下命令

sed -n 's/ /,/gwp nodes.csv' nodes_replaced1.txt

除了在nodes_replaced1.txt中读取、将

[spaces]

替换为

、

，并将其作为CSV文件写入外，这将执行类似的操作

一旦有了CSV文件，我建议使用Pandas打开CSV文件，并执行以下操作将节点添加到图形中：

In [1]: import pandas as pd

In [2]: import networkx as nx

In [5]: nodes = pd.read_csv('nodes.csv', header=None)

In [6]: nodes
Out[6]: 
   0      1      2
0  0  52.88  52.53
1  1  56.63  49.53
2  2  38.60  69.81
3  3  43.00   2.88

In [7]: G = nx.Graph()

In [8]: G
Out[8]: <networkx.classes.graph.Graph at 0x105e94cd0>

In [9]: for row in nodes.iterrows():
   ...:     G.add_node(row[1][0], x=row[1][1], y=row[1][2])
   ...: 

In [10]: G.nodes(data=True)
Out[10]: 
[(0.0, {'x': 52.880000000000003, 'y': 52.530000000000001}),
 (1.0, {'x': 56.630000000000003, 'y': 49.530000000000001}),
 (2.0, {'x': 38.600000000000001, 'y': 69.810000000000002}),
 (3.0, {'x': 43.0, 'y': 2.8799999999999999})]

[1]中的

：将熊猫作为pd导入
在[2]中：将networkx导入为nx
在[5]中：nodes=pd.read\u csv（'nodes.csv'，header=None）
在[6]中：节点
出[6]：
0      1      2
0  0  52.88  52.53
1  1  56.63  49.53
2  2  38.60  69.81
3  3  43.00   2.88
[7]中：G=nx.Graph（）
In[8]：G
出[8]：
在[9]中：对于节点中的行。iterrows（）
…：G.add_节点（行[1][0]，x=行[1][1]，y=行[1][2]）
...: 
在[10]中：G.节点（数据=真）
出[10]：
[（0.0，{'x'：52.88000000000003，'y'：52.530000000000001}），
（1.0，{'x'：56.630000000000003，'y'：49.530000000000001}），
（2.0，{'x'：38.60000000000001，'y'：69.810000000000002}），
（3.0，{'x'：43.0，'y'：2.879999999}）]

您会注意到，当我仅调用

G.nodes（）

时，没有x&y位置数据。但是，当我调用

G.nodes（data=True）

时，x和y位置数据被合并

有关如何创建图形以及如何输入与任何节点、边或图形关联的“属性”的更多信息，请参阅本页：

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最后，如果@Aric来回答这个问题，如果我错了，请纠正我

不确定NetworkX是否提供此功能，但您始终可以使用基本python读入文件，然后将节点传递给NetworkX。此外，我认为没有指定节点位置的具体方法。只能将“位置”用作“常规节点”属性。另一点是缺少边。这应该是吗？这些职位的用途是什么？我可以问一下，目的是做可视化还是做分析？根据我的经验，NetworkX在分析方面比可视化更有用。出于这个原因，我创建了一些d3可视化。我忘了提到，我也是python新手！！！。据我所知，我应该使用基本python从文件中读取dict@纳布拉，我有另一份关于edgelist的文件。位置用于执行贪婪路由（仅适用于具有邻居信息的节点）。谢谢您的回复。@ericmjl可视化并不重要，因为我的图形有大约10K个节点和20K条边。分析很重要。不过，感谢您的回复，我很高兴看到二维图形。另一方面，我认为Pandas是网络用户使用的一个很好的工具，如果可能的话，我会提出一个功能请求，让NetworkX API访问某种Pandas对象，也许？我有以下文件格式

0:52.88 52.53

1:56.63 49.53

2:38.60 69.81

3:43.00 2.88

我面临的主要问题是读取文件中写入的节点和位置，并将其转换为内置类型的python对象。然后我可以迭代并将其放入

add_node

Ok的

dict

参数中。请看一下我编辑过的答案（大约10分钟后出现）。谢谢。早些时候，我不愿意修改输入文件。