在python中查找开放阅读框架

我想在一组大序列中寻找开放阅读框。 因此，我使用BioPython的ORF_finder函数。 这很好，我可以打印出ORF大于一定大小的核苷酸序列，也可以打印出蛋白质序列

脚本如下所示：

def ORF_Finder(fasta_file, min_length=0, por_n=100):
    table = 11
    min_pro_len = 1000
    min_pro_len2 = 400
    test = 'ORF'
    for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"):
        print record
        min_pro_len = 100
        for strand, nuc in [(+1, record.seq), (-1, record.seq.reverse_complement())]:
            for frame in range(3):
                length = 3 * ((len(record) - frame) // 3)  # Multiple of three
            for pro in nuc[frame:frame + length].translate(table).split("*"):
                if len(nuc) >= 4000:
                    if len(pro) >= min_pro_len:
                        outfile.write('>' + str(record.id) + '\n' + str(pro + '\n'))
                        print("%s...%s - length %i, strand %i, frame %i" \
                              % (pro[:30], pro[-3:], len(pro), strand, frame))

如果我打印record.seq，我会得到整个序列，但我想要的是这个特定蛋白质的核苷酸序列

如何获得这些序列

致以最良好的祝愿

巴斯

为了澄清问题，我使用nt序列作为输入，例如：

TAATAATAGTAGTAATAGATGATGATGATGATGCGACGACGA

然后我运行ORF finder脚本，它可以为我提供以下氨基酸序列：

 MMMMMRRR

但我对氨基酸序列不感兴趣，而是对编码氨基酸的核苷酸序列感兴趣，例如：

ATGATGATGATGATGCGACGACGA

---

我不知道如何把这个序列取出来嘿，对不起，我的生物学不好，你能把你的程序输出到文件中的片段打印出来吗，还有你想为一个记录打印的片段，没有使用biopython，但是也许我可以帮你。所以我有一个核苷酸序列，比如TattagTagtagTagtagTagtagAtagAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAgAg。你想要与你刚刚用ORF_Finder功能找到的蛋白质相对应的核苷酸序列吗？通常，您希望提供一个示例，说明您获得的输入和输出，以及您期望的输出。事实上，这正是我想要的。我编辑了我的任务并加入了一个例子这是家庭作业吗？或者你真的想找到ORF？因为pgm做得很好。