Python 转换为数据帧时保留R数据帧索引值

使用R（基本版本3.5.2）包LME4安装混合效果模型，通过Python3.6中的rpy2 2.9.4运行

能够将随机效果打印为索引数据帧，其中索引值是用于定义组的分类变量的值（使用）：

将其转换为数据帧时，索引中的分类值将丢失，并替换为整数：

pandas2ri.ri2py_dataframe(r_ranef[1])  # r_ranef is a dict of dataframes

    Uppm  (Intercept)         floor  (Intercept)
0  -0.002678    -0.002589  1.742426e-09    -0.005200
1  -0.005669    -0.006419 -4.482764e-09    -0.012894
2   0.002191     0.001191  1.211201e-09     0.002392
3   0.009325     0.008190  5.135196e-09     0.016453
4   0.001875     0.001049  1.746748e-09     0.002108
5  -0.007376    -0.002430  0.000000e+00    -0.004882
6   0.011294     0.004177  5.507525e-09     0.008391
7   0.006922     0.002545  4.911563e-11     0.005112

如何保留原始索引的值

建议的

as.data.frame

可能包含

grp

，这可能是我想要的值，但我正在努力通过rpy2实现它；e、 g

r_ranef = ro.r['ranef.as.data.frame']

---

不起作用

请考虑在R数据框中添加

行。名称

作为新列，然后使用此列在R数据框中设置索引：

base = importr('base')

# ADD NEW COLUMN TO R DATA FRAME
re[1] = base.transform(re[1], index = base.row_names(re[1]))

# SET INDEX IN PANDAS DATA FRAME
py_df = (pandas2ri.ri2py_dataframe(re[1])
                     .set_index('index')
                     .rename_axis(None)
        )

要跨列表中的所有数据帧执行此操作，请使用R的

lappy

循环，然后使用Python的列表理解来创建索引数据帧的新列表

base = importr('base')

mod = lme4.lmer(**kwargs)          # Omitting arguments for brevity
r_ranef = lme4.ranef(mod)

# R LAPPLY
new_r_ranef = base.lapply(r_ranef, lambda df: 
                          base.transform(df, index=base.row_names(df)))

# PYTHON LIST COMPREHENSION
py_df_list = [(pandas2ri.ri2py_dataframe(df)
                         .set_index('index')
                         .rename_axis(None)
              ) for df in new_r_ranef]

这可能是rpy2中的一个小错误/缺失功能，但解决方法相当简单：

with localconverter(default_converter + pandas2ri.converter) as conv:
    pd_dataf = conv.rpy2py(r_dataf)
pd_dataf.index = r_dataf.rownames

---

pandas2ri.ri2py\u数据帧

的一个孤立问题，它正在丢弃R数据帧的索引您的

rpy2

版本是什么：

打印（rpy2.\uuu版本）

或

pip显示rpy2

？截至，R数据框row.names使用

pandas2ri.ri2py_数据框

作为索引在pandas数据框中传播。编辑：添加了rpy2版本2.9.4。在注释中列出了，为什么原始转换无法使用

pandas2ri.ri2py_数据框

迁移row.names？可能是回归。。。而且没有单元测试来捕捉它。现在在进行后续操作。现在通过一个配套的单元测试（可能再次）修复了这个问题：是的。rpy2-3.0.0尚未发布。不过，安装dev版本是非常超前的。例如，这是一个bug，现在应该被修复。请重试（为rpy2开发人员安装最新快照后）。

import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects import pandas2ri, default_converter
from rpy2.robjects.conversion import localconverter

r_dataf = ro.r("""
data.frame(
  Uppm = rnorm(5),
  row.names = letters[1:5]
)
""")

with localconverter(default_converter + pandas2ri.converter) as conv:
    pd_dataf = conv.rpy2py(r_dataf)

# row names are "a".."f"
print(r_dataf)

# row names / indexes are now 0..4
print(pd_dataf)

with localconverter(default_converter + pandas2ri.converter) as conv:
    pd_dataf = conv.rpy2py(r_dataf)
pd_dataf.index = r_dataf.rownames