Python ==错误==分析YAML文件时捕获异常

我似乎无法找出我的yaml文件有什么问题。我复制了这个例子，并在10个不同的迭代中填写了我的样本，试图找出问题所在，我似乎能让它工作

    orientation: "fr",
    type: "paired-end",
    right reads: [
      "/users/drob2727/supercomputer/Bon1read1.fastq",
      "/users/drob2727/supercomputer/Bon2read1.fastq",
      "/users/drob2727/supercomputer/Bon3read1.fastq"

    ],
    left reads: [
      "/users/drob2727/supercomputer/Bon1read2.fastq",
      "/users/drob2727/supercomputer/Bon2read2.fastq",
      "/users/drob2727/supercomputer/Bon3read2.fastq"

    ]

我得到了类似的错误

== Error ==  exception caught while parsing YAML file (/wheeler/scratch/drob2727/matreads8.yaml):
while parsing a block mapping
  in "/wheeler/scratch/drob2727/matreads8.yaml", line 1, column 5
expected <block end>, but found ','
  in "/wheeler/scratch/drob2727/matreads8.yaml", line 16, column 6

==错误==解析YAML文件时捕获异常（/wheeler/scratch/drob2727/matreads8.YAML）：
在分析块映射时
在“/wheeler/scratch/drob2727/matreads8.yaml”中，第1行第5列
应为，但找到“，”
在“/wheeler/scratch/drob2727/matreads8.yaml”中，第16行第6列

---

我缩短了文件以便于管理，但这些是我得到的错误类型。

使用不同的解析器

expected <block end>, but found ','

---

使用我得到的另一个解析器

expected <block end>, but found ','

---

YAML不使用逗号。还有字典（hashmaps或JSON对象）和列表（或数组）的特定语法

你可以。
还有一个

这对我很有用：

orientation: "fr"
type: "paired-end"
right reads: 
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon1read1.fastq"
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon2read1.fastq"
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon3read1.fastq"
left reads:
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon1read2.fastq"
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon2read2.fastq"
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon3read2.fastq"

---

YAML不使用逗号。还有字典（hashmaps或JSON对象）和列表（或数组）的特定语法

你可以。
还有一个

这对我很有用：

orientation: "fr"
type: "paired-end"
right reads: 
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon1read1.fastq"
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon2read1.fastq"
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon3read1.fastq"
left reads:
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon1read2.fastq"
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon2read2.fastq"
  - "/users/drob2727/supercomputer/Bon3read2.fastq"

---

所有有效的JSON也是有效的YAML。如果你想要一个更简单（并且更容易推理）的语法，可以考虑在JSON中编写文件；任何兼容的YAML解析器仍然会加载它。“所有有效的JSON也是有效的YAML”-IIRC这仅适用于YAML 1.2，并且有很多较旧的解析器。所有有效的JSON也是有效的YAML。如果你想要一个更简单（并且更容易推理）的语法，可以考虑在JSON中编写文件；任何兼容的YAML解析器仍然会加载它。“所有有效的JSON都是有效的YAML”-IIRC这只适用于YAML 1.2，而且有很多较旧的解析器。我可以看到它经过了验证，我已经尝试了手册中的迭代，但我似乎无法做到。您提供给我的代码main（sys.argv）File“/opt/spack/opt/spack/linux-centos7-nehalem/gcc-9.3.0/spades-3.14.1-u5nojwyz5gim2iz35tmi42qrycktdj5h/bin/metaspades.py”，第581行，在主cfg中，dataset_data，command_line=parse_args（args，log）文件中“/opt/spack/opt/spack/linux-centos7-nehalem/gcc-9.3.0/spades-3.14.1-u5nojwyz5gim2iz35tmi42qrycktdj5h/bin/metaspades.py“，第238行，在parse_argsWell中，YAML错误消失，因此这将在程序中验证。这个答案奏效了。另一个问题是独立的，应该是独立的问题。如果你提出了一个新问题，让我知道，我也会尽力帮助你。我可以看出它是经过验证的，我也尝试过手册中的迭代，但我似乎做不到。您提供给我的代码main（sys.argv）File“/opt/spack/opt/spack/linux-centos7-nehalem/gcc-9.3.0/spades-3.14.1-u5nojwyz5gim2iz35tmi42qrycktdj5h/bin/metaspades.py”，第581行，在主cfg中，dataset_data，command_line=parse_args（args，log）文件中“/opt/spack/opt/spack/linux-centos7-nehalem/gcc-9.3.0/spades-3.14.1-u5nojwyz5gim2iz35tmi42qrycktdj5h/bin/metaspades.py“，第238行，在parse_argsWell中，YAML错误消失，因此这将在程序中验证。这个答案奏效了。另一个问题是独立的，应该是独立的问题。如果你提出一个新问题，让我知道，我也会尽力帮助你。