Python 多输入蛇击

我开始为我的生物信息学项目编写一个管道，我使用Snakemake作为工作流程。 我制作了官方网站的所有教程，并提供了一些文档

我想运行一个shell命令，如下所示：

fastp-i输入-1-i输入-2-o输出-1-o输出-2

Snakefile中的我的代码：

SAMPLES = ['1', '2', '3', '4']
rule fastp:
    input:
        reads1=expand("sample{sample}.R1.fq.gz", sample=SAMPLES),
        reads2=expand("sample{sample}.R2.fq.gz", sample=SAMPLES)
    output:
        reads1out=expand("sample{sample}.R1.fq.gz.out", sample=SAMPLES),
        reads2out=expand("sample{sample}.R2.fq.gz.out", sample=SAMPLES)
    shell:
        "fastp -i {input.reads1} -I {input.reads2} -o {output.reads1out} -O {output.reads2out}"

但是程序运行这一行代码：

1.1.fq.7.7 7 7.7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7.7 7 7 7 7.7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 ple4.R2.fq.gz.out

如何编写程序，对每个示例执行不同的shell命令？在

规则fastp:

之后，我在示例中尝试了一个

for I:

，但不起作用，我不知道现在可以尝试什么。很抱歉，如果这个主题在某种程度上过于基本，但我是Python的noob

多谢各位

您需要使用

规则all

输出文件

SAMPLES = ['1', '2', '3', '4']
rule all:
    input:
        expand("sample{sample}.R{read_no}.fq.gz.out", sample=SAMPLES, read_no=['1', '2'])

rule fastp:
    input:
        reads1="sample{sample}.R1.fq.gz",
        reads2="sample{sample}.R2.fq.gz"
    output:
        reads1out="sample{sample}.R1.fq.gz.out",
        reads2out="sample{sample}.R2.fq.gz.out"
    shell:
        "fastp -i {input.reads1} -I {input.reads2} -o {output.reads1out} -O {output.reads2out}"

---

这是snakemake-np命令的输出，带有

规则all:

，正如JeeYem所写：

λfastp/testdata master✗ 毒蛇-np
规则fastp：
输入：sample1.R1.fq.gz，sample2.R1.fq.gz，sample3.R1.fq.gz，sample4.R1.fq.gz，sample1.R2.fq.gz，sample2.R2.fq.gz，sample3.R2.fq.gz，sample4.R2.fq.gz
输出：sample1.R1.fq.gz.out，sample2.R1.fq.gz.out，sample3.R1.fq.gz.out，sample4.R1.fq.gz.out，sample1.R2.fq.gz.out，sample2.R2.fq.gz.out，sample3.R2.fq.gz.out，sample4.R2.fq.gz.out
jobid:1
1.1.fq.7.7 7 7.7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7.7 7 7 7 7.7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 ple4.R2.fq.gz.out
localrule所有：
输入：sample1.R1.fq.gz.out，sample1.R2.fq.gz.out，sample2.R2.fq.gz.out，sample3.R1.fq.gz.out，sample3.R2.fq.gz.out，sample4.R1.fq.gz.out，sample4.R2.fq.gz.out
jobid:0
工作计数：
计算工作
1全部
1 fastp
2.

谢谢你的回答，JeeYem，但我还是有同样的问题。黑客仍然像以前一样尝试将所有样本放在一行中。复制并粘贴我的代码，然后重试。看起来您在代码中添加了

rule all

，但忘记编辑

rule fastp

。我建议将此添加到您的问题中。答案部分应预留给公正的答案。