使用Python子进程将stdout重定向到stdin？

我正在使用子进程模块从shell调用一个程序，该模块将二进制文件输出到STDOUT

我使用Popen调用该程序，然后我想将流传递给一个名为pysam的Python包中的函数，不幸的是，该函数不能读取Python文件对象，但可以从STDIN读取。所以我想做的是让shell命令的输出从STDOUT转到STDIN

如何在Popen/子流程模块中实现这一点？这是我调用shell程序的方式：

p = subprocess.Popen(my_cmd, stdout=subprocess.PIPE, shell=True).stdout

这将读取my_cmd的STDOUT输出，并在p中获得一个流。由于我的Python模块无法直接从p读取，因此我尝试使用以下命令将我的_cmd的STDOUT重定向回STDIN：

p = subprocess.Popen(my_cmd, stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE, shell=True).stdout

然后我调用我的模块，该模块使用-作为STDIN的占位符：

s = pysam.Samfile("-", "rb")

上面的调用只意味着从STDIN读取，并将其作为二进制文件rb读取

当我尝试这一点时，我只是将二进制输出发送到屏幕上，而Samfile函数似乎无法读取它。即使我删除了对Samfile的调用，也会发生这种情况，因此我认为问题出在我对Popen的调用上，而不是下游步骤

编辑：在回答问题时，我尝试：

sys.stdin = subprocess.Popen(tagBam_cmd, stdout=subprocess.PIPE, shell=True).stdout
print "Opening SAM.."                                                                                            
s = pysam.Samfile("-","rb")
print "Done?"
sys.stdin = sys.__stdin__    

这似乎很难解决。我得到输出：

Opening SAM..

但它永远不会超过Samfile-，rb行。知道为什么吗

你知道怎么解决这个问题吗

编辑2：我正在添加一个Pysam文档的链接，以防它有所帮助，我真的无法理解这一点。文档页面为：

关于streams的具体说明如下：

特别是：

Pysam不支持从真正的python文件对象读写，但它支持从stdin和stdout读写。以下示例从stdin读取并写入stdout：

infile = pysam.Samfile( "-", "r" )
outfile = pysam.Samfile( "-", "w", template = infile )
for s in infile: outfile.write(s)

它还可以处理BAM文件。以下脚本将stdin上的BAM格式文件转换为stdout上的SAM格式文件：

infile = pysam.Samfile( "-", "rb" )
outfile = pysam.Samfile( "-", "w", template = infile )
for s in infile: outfile.write(s)

注意，只有文件打开模式需要从r更改为rb。

所以我只想获取来自Popen的流，它读取stdout，并将其重定向到stdin，这样我就可以使用Samfile-，rb，因为上面的部分状态是可能的

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谢谢。

如果您使用的是stdout=subprocess.PIPE，您会在stdout上看到二进制文件，这让我有点困惑。但是，总体问题是，如果您想欺骗pysam使用它，您需要使用sys.stdin

例如：

sys.stdin = subprocess.Popen(my_cmd, stdout=subprocess.PIPE, shell=True).stdout
s = pysam.Samfile("-", "rb")
sys.stdin = sys.__stdin__ # restore original stdin

更新：假设pysam是在Python解释器的上下文中运行的，因此在指定时表示Python解释器的stdin。不幸的是，事实并非如此；当指定-时，它直接从文件描述符0读取

换句话说，它没有使用Python的stdinsys.stdin概念，因此替换它对pysam.Samfile没有影响。也不可能从Popen调用获取输出并以某种方式将其推送到文件描述符0；它是只读的，另一端连接到终端

将该输出放到文件描述符0上的唯一实际方法是将其移动到另一个脚本，并从第一个脚本开始将这两个脚本连接在一起。这确保了第一个脚本中Popen的输出将在第二个脚本的文件描述符0上结束

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因此，在本例中，最好的选择是将其拆分为两个脚本。第一个将调用my_cmd并获取该命令的输出，并将其用作另一个Python脚本的第二个Popen的输入，该脚本调用pysam.Samfile-，rb。

如果使用stdout=subprocess.PIPE，您会在stdout上看到二进制文件，但我有点困惑，总的问题是，如果要诱使pysam使用sys.stdin，就需要使用它

例如：

sys.stdin = subprocess.Popen(my_cmd, stdout=subprocess.PIPE, shell=True).stdout
s = pysam.Samfile("-", "rb")
sys.stdin = sys.__stdin__ # restore original stdin

更新：假设pysam是在Python解释器的上下文中运行的，因此在指定时表示Python解释器的stdin。不幸的是，事实并非如此；当指定-时，它直接从文件描述符0读取

换句话说，它没有使用Python的stdinsys.stdin概念，因此替换它对pysam.Samfile没有影响。也不可能从Popen调用获取输出并以某种方式将其推送到文件描述符0；它是只读的，另一端连接到终端

将该输出放到文件描述符0上的唯一实际方法是将其移动到另一个脚本，并从第一个脚本开始将这两个脚本连接在一起。这确保了第一个脚本中Popen的输出将在第二个脚本的文件描述符0上结束

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因此，在本例中，最好的选择是将其拆分为两个脚本。第一个将调用my_cmd并获取该命令的输出，并将其用作另一个Python脚本的第二个Popen的输入，该脚本调用pysam.Samfile-，rb。

在处理pysam的特定情况下，我能够使用命名管道解决该问题http://docs.python.org/library/os.htmlos.mkfifo,这是一个可以像普通文件一样访问的管道。总的来说，哟 您希望管道的用户读者在您开始向管道写入内容之前倾听，以确保您不会遗漏任何内容。但是，如果stdin上没有注册任何内容，pysam.Samfile-，rb将挂起，如上所述

假设您正在处理需要相当长时间的先前计算，例如，在将bam传递到pysam之前对bam进行排序，您可以启动该先前计算，然后在任何内容得到输出之前监听流：

import os
import tempfile
import subprocess
import shutil
import pysam

# Create a named pipe
tmpdir = tempfile.mkdtemp()
samtools_prefix = os.path.join(tmpdir, "namedpipe")
fifo = samtools_prefix + ".bam"
os.mkfifo(fifo)

# The example below sorts the file 'input.bam',
# creates a pysam.Samfile object of the sorted data,
# and prints out the name of each record in sorted order

# Your prior process that spits out data to stdout/a file
# We pass samtools_prefix as the output prefix, knowing that its
# ending file will be named what we called the named pipe
subprocess.Popen(["samtools", "sort", "input.bam", samtools_prefix])

# Read from the named pipe
samfile = pysam.Samfile(fifo, "rb")

# Print out the names of each record
for read in samfile:
    print read.qname

# Clean up the named pipe and associated temp directory
shutil.rmtree(tmpdir)

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在处理pysam的具体案例中，我能够使用命名管道解决这个问题http://docs.python.org/library/os.htmlos.mkfifo，这是一个可以像普通文件一样访问的管道。一般来说，您希望管道的消费者读者在开始向管道写入内容之前倾听，以确保不会遗漏任何内容。但是，如果stdin上没有注册任何内容，pysam.Samfile-，rb将挂起，如上所述

假设您正在处理需要相当长时间的先前计算，例如，在将bam传递到pysam之前对bam进行排序，您可以启动该先前计算，然后在任何内容得到输出之前监听流：

import os
import tempfile
import subprocess
import shutil
import pysam

# Create a named pipe
tmpdir = tempfile.mkdtemp()
samtools_prefix = os.path.join(tmpdir, "namedpipe")
fifo = samtools_prefix + ".bam"
os.mkfifo(fifo)

# The example below sorts the file 'input.bam',
# creates a pysam.Samfile object of the sorted data,
# and prints out the name of each record in sorted order

# Your prior process that spits out data to stdout/a file
# We pass samtools_prefix as the output prefix, knowing that its
# ending file will be named what we called the named pipe
subprocess.Popen(["samtools", "sort", "input.bam", samtools_prefix])

# Read from the named pipe
samfile = pysam.Samfile(fifo, "rb")

# Print out the names of each record
for read in samfile:
    print read.qname

# Clean up the named pipe and associated temp directory
shutil.rmtree(tmpdir)

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如果您的系统支持它；你可以：

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如果您的系统支持它；你可以：

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导入sys，sys.stdin.writep.stdout.read？在写入stdin之前，请确保s=pysam.Samfile-，rb。您仍然看到屏幕上的二进制输出吗？换句话说，你确定你的tagBam_cmd真的在将结果发送到stdout吗？我没有看到二进制屏幕，我只是看到程序挂起。当我运行tagBam_cmd的内容时，它会将其打印到屏幕上，因此我假设它是标准输出。如何检查呢？在shell中以：tagBam\u cmd>test\u输出的形式运行tagBam\u cmd，看看二进制文件是否在文件中结束。如果没有，那么它可能会转到stderr。我已经这样做了，它肯定会转到文件。import sys，sys.stdin.writep.stdout.read？在写入stdin之前，请确保s=pysam.Samfile-，rb。您仍然看到屏幕上的二进制输出吗？换句话说，你确定你的tagBam_cmd真的在将结果发送到stdout吗？我没有看到二进制屏幕，我只是看到程序挂起。当我运行tagBam_cmd的内容时，它会将其打印到屏幕上，因此我假设它是标准输出。如何检查呢？在shell中以：tagBam\u cmd>test\u输出的形式运行tagBam\u cmd，看看二进制文件是否在文件中结束。如果没有，那么它可能会转到stderr。我已经这样做了，它肯定会转到文件。虽然我更喜欢只写sys.stdin，而不是在主帖子上看到我的评论。这是行不通的。您将尝试写入只读的文件流对象，而不是为将来的读取推送数据。现在，如果你打开/dev/fd/0并写信给它，如果可以的话。@DavidK.Hess：我试过你的建议，但它似乎挂在Samfile上。。。对你有用吗？请参阅“编辑到我的原始帖子”。@user248237查看我的编辑-您确定pyasm正在从解释器的stdin读取数据，还是正在运行带有这些参数的外部程序？指向pyasm.Samfile文档的链接也会有所帮助。@DavidK.Hess:添加链接。相关部分在这里：虽然我更喜欢只写信给sys.stdin，而不是在主要帖子上看到我的评论。这是行不通的。您将尝试写入只读的文件流对象，而不是为将来的读取推送数据。现在，如果你打开/dev/fd/0并写信给它，如果可以的话。@DavidK.Hess：我试过你的建议，但它似乎挂在Samfile上。。。对你有用吗？请参阅“编辑到我的原始帖子”。@user248237查看我的编辑-您确定pyasm正在从解释器的stdin读取数据，还是正在运行带有这些参数的外部程序？指向pyasm.Samfile文档的链接也会有所帮助。@DavidK.Hess:添加链接。相关部分在这里：如果系统支持它，那么它可能更容易实现。如果系统支持它，那么它可能更容易实现。