在Python Jupyter笔记本中使用rpy2安装Bioconductor软件包

我正试图在Python Jupyter笔记本中使用rpy2从Bioconductor安装“pcaMethods”

这就是我试过的

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('mice') # all of this works
base = importr('base')
base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocinstaller = importr("BiocInstaller") # this doesn't work
biocinstaller.biocLite("pcaMethods") # this doesn't work

# load the installed package
pcaMethods = importr("pcaMethods")

这是我在尝试安装

pcaMethods

时遇到的错误：

Error in if (answer %in% allowed) break : argument is of length zero

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有人知道我做错了什么吗？

这篇介绍来自以下内容：

“参数长度为零”是一个非常具体的问题，它来自于我最不喜欢的R元素之一。让我来演示这个问题：

> FALSE == "turnip"
[1] FALSE
> TRUE == "turnip"
[1] FALSE
> NA == "turnip"
[1] NA
> NULL == "turnip"
logical(0)

如您所见，与NULL的比较不仅不会产生布尔值，而且根本不会产生值——控制流倾向于期望检查将产生某种输出。当它们产生零长度输出时。。。“参数的长度为零”

从这里开始，你的一句台词似乎唤起了这种行为。 我猜交互式R的库路径与rpy中使用的R的库路径有些不同，这与您的情况不匹配

还需要注意的是，在第一次执行代码期间，您应该只执行一次安装过程：

base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocinstaller = importr("BiocInstaller") # this doesn't work
biocinstaller.biocLite("pcaMethods") # this doesn't work

稍后，您只需要加载包

# load the installed package
pcaMethods = importr("pcaMethods")