Biopython现在无法下载.PDB文件
我和比奥皮顿之间有麻烦。我用这个代码下载了一组蛋白质Biopython现在无法下载.PDB文件,python,biopython,Python,Biopython,我和比奥皮顿之间有麻烦。我用这个代码下载了一组蛋白质 from Bio.PDB import * from biopandas.pdb import PandasPdb import Bio from Bio.PDB import PDBList ppdb0 = [] ppdb1 = [] pdbl = PDBList() PDBlist2 = ['2dd6', '1lbO', 'iee7'] for i in PDBlist2: ppdb0.append(pdbl.retrieve_p
from Bio.PDB import *
from biopandas.pdb import PandasPdb
import Bio
from Bio.PDB import PDBList
ppdb0 = []
ppdb1 = []
pdbl = PDBList()
PDBlist2 = ['2dd6', '1lbO', 'iee7']
for i in PDBlist2:
ppdb0.append(pdbl.retrieve_pdb_file(i,pdir='.', file_format ='pdb'))
ppdb1.append(PandasPdb().fetch_pdb(i))
它工作得很好,但重新启动计算机后,现在我出现以下错误:
Downloading PDB structure '2dd6'...
Desired structure doesn't exists
Downloading PDB structure '1lbO'...
Desired structure doesn't exists
HTTP Error 404
有人也这样吗?你能告诉我怎么修理这个吗?
Pd:如果我通过查看页面,用大写字母写蛋白质登录号,也是一样的
和
我可以看到:蛋白质2DD6确实存在并返回一个HTTP200结果。
ID为1lbO的蛋白质不存在,所以我得到了404(未找到页面)。
iee7甚至不是有效的PDB ID,因为它不是以数字开头的。蛋白质1EE7确实存在-可能是打字错误?通过查看页面
和
我可以看到:蛋白质2DD6确实存在并返回一个HTTP200结果。
ID为1lbO的蛋白质不存在,所以我得到了404(未找到页面)。
iee7甚至不是有效的PDB ID,因为它不是以数字开头的。蛋白质1EE7确实存在-可能是打字错误?错误404表示web paga不存在。也许你可以手动下载并安装它。或者服务器出现问题,您应该在几个小时后检查代码。或者他们在服务器上更改页面,您必须安装更新的版本。
错误404
意味着web paga不存在。也许你可以手动下载并安装它。或者服务器出现问题,您应该在几个小时后检查代码。或者他们在服务器上更改页面,您必须安装更新的版本。你好,Lydia。谢谢你的评论。我尝试了其他的序列,它成功了。你是对的,我只是把那些号码写错了。谢谢你的帮助你好,莉迪亚。谢谢你的评论。我尝试了其他的序列,它成功了。你是对的,我只是把那些号码写错了。谢谢你的帮助