Python NetworkX图形布局不工作？

我在尝试使用NetworkX和graphviz_布局绘制具有多个节点的图形时遇到了一个问题。更具体地说，传递到nx.graphviz_布局中的参数根本没有帮助。附件是我使用的代码：

G=some_graph()

import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure(figsize=(32,32))

# use graphviz to find radial layout
pos=nx.graphviz_layout(G,prog="dot",
                       root=1000,
                       args='-splines=true -nodesep=0.6 -overlap=scalexy'
                       )

nx.draw(G,pos,
        with_labels=True,
        alpha=0.5,
        node_size=600,
        font_size=10
        )

plt.savefig("imagenet_layout.png")

无论我如何更改nx.graphviz_布局中的“args”，输出图像都是相同的，并且所有节点彼此重叠。有人能帮我吗？谢谢

我对for pygraphviz的阅读表明，

重叠

不适用于

点

对于

nodesep

：

以点为单位，指定同一列中两个相邻节点之间的最小间距（以英寸为单位）

不清楚您观察到的重叠是在同一列中的节点之间还是在列之间。如果只是在列组之间，您可能需要修改

ranksep

我确实看到您正在设置位置，然后设置了节点大小，并且使

node\u size

比默认值（600 vs 300）大很多。由于它不知道在找到

pos

时要使用的

节点大小，因此使用足够大的
节点大小将导致重叠

因此，我建议将
node\u size
设置为默认值，如果重叠仍然存在，则将
node\u size
设置为更小。如果您遇到职级间或职级内分离比例失调的问题，请使用
ranksep
和
nodesep

关于“重叠”，您的意思是在当前输出中有上次绘制的节点吗？如果是，请在“plt.savefig（****）
”之后添加“
plt.clf（）”
关于节点大小，默认值为300，但文档中未给出单位。我最近也在使用networkx，如果你知道的话，你能告诉我单位吗
对我来说，为了给
prog
提供args，您需要使用格式'-G'+'argsname=x'。我注意到在这个例子中，他们给出了argε作为
G.draw（'test.ps'，prog='twopi'，args='-Gepsilon=1'）
。因此，我尝试了如下所示的模式。我只是在参数前面加了G。现在，这些参数根据您使用的程序有很大的不同，所以您肯定希望使用“点”来完成您想要完成的任务。您可以看到所有可能的参数以及它们如何与每个
prog
一起工作。对于我的海豚，我需要nodesep=0.01

G=some_graph()

import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure(figsize=(32,32))

# use graphviz to find radial layout
pos=nx.graphviz_layout(G,prog="dot",
                       root=1000,
                       args='-Gsplines=true -Gnodesep=0.6 -Goverlap=scalexy'
                       )

nx.draw(G,pos,
        with_labels=True,
        alpha=0.5,
        node_size=600,
        font_size=10
        )

plt.savefig("imagenet_layout.png")

下面是有参数和没有参数以及代码的图形的比较。首先没有ARG

A = nx.nx_agraph.to_agraph(G)        # convert to a graphviz graph
A.layout(prog='neato')            # neato layout
#A.draw('test3.pdf')

A.draw('test3.png' )     


用args

A = nx.nx_agraph.to_agraph(G)        # convert to a graphviz graph
A.layout(prog='dot')            # neato layout
#A.draw('test3.pdf')

A.draw('test3.png',args='-Gnodesep=0.01 -Gfont_size=1', prog='dot' )  


因此，在我让args工作后，您可以看到图像是不同的。
G=some_graph（）
不足以让我们重现您的问题。你能给出一个有这个问题的图表，或者至少告诉我们你的
G
的属性吗？