bash:python:.py:未找到命令

我试图在安装在macbook上的

QIIME2虚拟机

中运行以下命令，但代码不起作用

validate_mapping_file.py -m Fasting_Map.txt -o mapping_output

以下是链接：

我得到以下信息

bash:validate_mapping_file.py:未找到命令

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我不熟悉

unix/linux

和

qiime

。非常感谢您的帮助……

要以这种方式执行Python脚本，您需要三件事：

该文件需要为您设置可执行位。为此，请尝试使用：

chmodu+xvalidate\u mapping\u file.py

文件需要以shebang开头，例如

#/usr/bin/env python3

，它将告诉系统根据您的环境使用python3可执行文件运行脚本

文件需要位于

PATH

环境变量中的一个目录中。您可以使用export

PATH=$PWD:$PATH

添加当前目录，或者使用

/validate\u mapping\u file.py

而不仅仅是

validate\u mapping\u file.py

（谢谢@Grisha）

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之后，您应该能够以您以前尝试过的方式执行脚本。

chmod+x validate\u mapping\u file.py

plus请显示此Python文件的第一行-它是否有一个shabang行？您是否尝试使用

/validate\u mapping\u file.py

或

来验证\u mapping\u file.py

。。。另外，它必须位于

路径

目录之一

$（pwd）：$PATH

，或其基于倒勾的等效目录，与

$pwd/$PATH

相比，效率极低；像任何其他命令替换一样，它派生出一个子shell。@CharlesDuffy我怀疑他键入的速度是否比执行

pwd

快。不过，它还是达到了同样的效果，而且效率更高，所以我编辑了答案。@FlorianRhiem，谢谢。问题不在于即时交互使用，而在于教学实践，如果在其他情况下（例如，在内部循环中）使用，会造成瓶颈。