将行写入python文件

我有一个非常简单的python脚本，它运行一个用户定义函数（hetero），将序列（文本字符串）连接到非常大的文件上，一次两个序列（行）。无论如何，正如我写的，它会打印到屏幕上，但我想把所有输出都写到一个文件中

f = open ("new", "r")
while True:
    line1 = f.readline()
    line1a = line1.split()
    line2 = f.readline()
    line2a =line2.split()
    if not line2: break

       tri="".join ([hetero(b1, b2) for (b1, b2) in zip(line1a[2], line2a[2])])

       print line1a[1]+"_"+line1a[0],tri

这只是将脚本的结果打印到终端。因此，我尝试将结果（从print命令“line1a[1]+..”）写入另一个打开以供写入的文件（附加到脚本末尾）：

但这当然行不通。但我不明白为什么…我需要打开文件与文件一起写入以便读取，这样它就在While循环之外了吗？需要技巧的是，脚本在整个文件中一次读取两行，每次在一行中打印ID信息和序列——我想将所有这些结果打印到一个文件中

---

我确信这是一个简单的修复，但我并不经常使用python，而且总是发现文件系统I/o很难处理

每次打开要写入的文件时，它都会被截断。如果要追加，可以在开始时将其打开并保持打开状态，或者改为在追加模式下打开（

a

而不是

w

）

此外，您还应使用

with

语句：

with open('new', 'r') as f, open('out.txt', 'w') as out:
    while True:
        ... 

这将在块结束后为您自动调用

close

您还可以清理“读取一对行并拆分它们”代码。而不是

，而为True:

from itertools import izip
pairs = ((l1.split(), l2.split()) for l1, l2 in izip(f, f))
for line1a, line2a in pairs:
    tri = ...

---

请注意，您希望使用

izip

而不是

zip

，否则它会立即将整个文件读入内存

每次打开要写入的文件时，它都会被截断。如果要追加，可以在开始时将其打开并保持打开状态，或者改为在追加模式下打开（

a

而不是

w

）

此外，您还应使用

with

语句：

with open('new', 'r') as f, open('out.txt', 'w') as out:
    while True:
        ... 

这将在块结束后为您自动调用

close

您还可以清理“读取一对行并拆分它们”代码。而不是

，而为True:

from itertools import izip
pairs = ((l1.split(), l2.split()) for l1, l2 in izip(f, f))
for line1a, line2a in pairs:
    tri = ...

---

请注意，您希望使用

izip

而不是

zip

，否则它会立即将整个文件读入内存

您正在使用此代码

out_file = open ("out.txt", "w")
out_file.write(line1a[1]+"_"+line1a[0],tri)
out_file.close()

out_file = open ("out.txt", "w")
[while ...]
out_file.close()

在每次迭代中。注意“w”标志：这意味着您将在每次迭代时再次打开文件，并从一开始就覆盖它。如果您想附加到它，可以使用标志“a”

但还有更多：这个代码

out_file = open ("out.txt", "w")
out_file.write(line1a[1]+"_"+line1a[0],tri)
out_file.close()

out_file = open ("out.txt", "w")
[while ...]
out_file.close()

---

应该在

while

循环之外，因为您只需要打开和关闭此文件一次。

您正在使用此代码

out_file = open ("out.txt", "w")
out_file.write(line1a[1]+"_"+line1a[0],tri)
out_file.close()

out_file = open ("out.txt", "w")
[while ...]
out_file.close()

在每次迭代中。注意“w”标志：这意味着您将在每次迭代时再次打开文件，并从一开始就覆盖它。如果您想附加到它，可以使用标志“a”

但还有更多：这个代码

out_file = open ("out.txt", "w")
out_file.write(line1a[1]+"_"+line1a[0],tri)
out_file.close()

out_file = open ("out.txt", "w")
[while ...]
out_file.close()

---

应该在

while

循环之外，因为您只需要打开和关闭此文件一次。

不确定您将

文件放在哪里

代码，但您可能将其放在循环中，并且每次都会打开和关闭。试试像这样的东西

with open('out.txt', 'w') as outfile, open("new", "r") as f:
    while True:
        line1 = f.readline()
        line1a = line1.split()
        line2 = f.readline()
        line2a =line2.split()
        if not line2: break

           tri="".join ([hetero(b1, b2) for (b1, b2) in zip(line1a[2], line2a[2])])

           #print line1a[1]+"_"+line1a[0],tri
           out_file.write(line1a[1]+"_"+line1a[0],tri)

---

编辑你会注意到我使用上下文打开了文件，我很喜欢这样，因为你不必担心以后关闭它，而且我似乎更清楚文件打开了多长时间

不确定你把你的

文件放在哪里

代码，但你可能会把它放在循环中，每次都会打开和关闭。试试像这样的东西

with open('out.txt', 'w') as outfile, open("new", "r") as f:
    while True:
        line1 = f.readline()
        line1a = line1.split()
        line2 = f.readline()
        line2a =line2.split()
        if not line2: break

           tri="".join ([hetero(b1, b2) for (b1, b2) in zip(line1a[2], line2a[2])])

           #print line1a[1]+"_"+line1a[0],tri
           out_file.write(line1a[1]+"_"+line1a[0],tri)

---

编辑您会注意到我是使用上下文打开文件的，我非常喜欢这样做，因为您不必担心以后关闭它，而且我似乎更清楚文件打开的时间

如果您像以下方式打开文件，则只能在循环中打开文件：

out_file = open ("out.txt", "a")

注意“a”表示追加模式

如果使用“w”打开它，它将在循环的每次迭代中被覆盖

---

您可以检查此项以了解更多信息。

只有在如下方式打开文件时，才能在循环中打开该文件：

out_file = open ("out.txt", "a")

注意“a”表示追加模式

如果使用“w”打开它，它将在循环的每次迭代中被覆盖

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如果您不喜欢python文件I/O

，可以查看此项以了解更多信息。
：（

，您还可以使用shell将控制台输出重定向到一个文件。而不是

python my_program.py

执行

python my_program.py>out.txt

。这样您就可以保持打印语句不变。在循环之前打开输出文件，在循环中写入，在循环之后关闭如果您不喜欢python文件I/O

：（

，您还可以使用shell将控制台输出重定向到文件。而不是

python my_program.py

执行

python my_program.py>out.txt

。这样您就可以保持打印语句的原样。在循环之前打开输出文件，在循环中写入，在循环之后关闭