Python -c:第0行：意外标记“（”附近出现语法错误

我有一个PYTHON脚本，它接受一个输入文件并给出一个输出文件。输入文件和输出文件被视为sys.argv[1]和[2]，如下所示：

myscript.py input.file output.file

不幸的是，输入文件需要预处理以满足脚本的要求。我可以预处理原始文件并转换为可接受的格式。预处理步骤如下：

awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' filename.fastq > filename.fa

但是，有1000多个这样的文件，为了节省一些存储空间，我希望脚本通过进程替换获取预处理的数据，我在这里找到了一个解决方案：

因此，以下方法非常有效：

myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa

然而，正如我提到的，我有1000个这样的文件，我编写了一个python脚本来循环所有文件，然后将上面的命令嵌套在os.system中，如下所示

os.system("myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa")

但是，这次当我运行脚本时，出现以下错误：

sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa'

对于同一个错误，我可以找到很多答案，但没有一个对我有效。我尝试了以下链接：

当我使用上述解决方案时，我得到了下线错误

我从这里知道这是一个错误的语法：

然后我尝试了/然后我得到了以下错误：

 IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/<(awk NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0} input.fastq)

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您能为我推荐一个解决方案吗？

明确使用bash进行流程替换

os.system("bash -c \"myscript.py <(awk -v gt='>' 'NR % 4 == 1 {print gt $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa\"")

如果您控制myscript.py，允许它接受stdin上的数据而不是文件名，您就可以编写

os.system("awk '...' input.fastq | myscript.py output_processed.fa")

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您是否在shell中尝试过该命令？如果是，结果是什么？如果是相同的，则不是pytho问题。请注意，您可以使用子流程和管道来实现相同的结果，或者甚至放弃awk调用并用本机python编写代码，这样会更简单

os.system("awk '...' input.fastq | myscript.py output_processed.fa")