使用python、Ubuntu操作系统从脚本调用命令行

我在从脚本调用命令行时遇到困难。我运行了脚本，但没有得到任何结果。通过脚本中的这个命令行，我想运行一个工具，该工具生成一个文件夹，其中包含每行的输出文件。你能帮帮我吗

for line in inputFile:
cmd = 'python3 CRISPRcasIdentifier.py -f %s/%s.fasta -o %s/%s.csv -st dna -co %s/'%(inputpath,line.strip(),outputfolder,line.strip(),outputfolder)
os.system(cmd)

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您确实希望使用Python标准库模块。使用该模块中的函数，您可以将命令行构造为字符串列表，每个字符串将作为一个文件名、选项或值进行处理。这绕过了shell的转义，并且消除了在调用之前对脚本参数进行按摩的需要

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此外，您的代码无法工作，因为

for

语句的主体块没有缩进。Python根本不接受这段代码（可以在没有适当缩进的情况下粘贴到questiong中）。

如前所述，不建议通过os.system（command）执行命令。请使用subprocess（阅读python文档中有关此模块的内容）。请参见此处的代码：

for command in input_file:
    p = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
    # use this if you want to communicate with child process
    # p = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
    p.communicate()
    # --- do the rest

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对于静态命令，我通常这样做

from subprocess import check_output

def sh(command):
    return check_output(command, shell=True, universal_newlines=True)

output = sh('echo hello world | sed s/h/H/')

但这并不安全！！！你应该做的外壳注射是可以避免的

from subprocess import check_output
from shlex import split

def sh(command):
    return check_output(split(command), universal_newlines=True)

output = sh('echo hello world')

两者之间的区别是微妙但重要的。shell=True将创建一个新的shell，因此管道等将工作。当我有一个带有管道的大型命令行时，我会使用它，这是静态的，我的意思是，它不依赖于用户输入。这是因为这个变体对shell注入是脆弱的，用户可以输入

一些东西；rm-rf/

，它将运行

第二个变量只接受一个命令，它不会生成shell，而是直接运行该命令。因此，没有管道和类似外壳的东西可以工作，而且更安全

universal\u newlines=True

用于将输出作为字符串而不是字节。如果您需要二进制输出，请将其用于文本输出。默认值为false

下面是完整的例子

from subprocess import check_output
from shlex import split

def sh(command):
    return check_output(split(command), universal_newlines=True)

for line in inputFile:
    cmd = 'python3 CRISPRcasIdentifier.py -f %s/%s.fasta -o %s/%s.csv -st dna -co %s/'%(inputpath,line.strip(),outputfolder,line.strip(),outputfolder)
    sh(cmd)

Ps：我没有测试这个

我也像调用一样尝试过（cmd，shell=True）