Python错误；无法使用os.walk找到文件

在我当前运行python脚本的工作目录中，我有多个子目录，其中都包含文件“genes.faa.genespercontig.csv”。我想创建这些文件的数据帧

当我运行脚本时，会出现以下错误：

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'C:\\Users\\KLIF\\Documents\\Linda\\genes.faa.genespercontig.csv\\r'

我的脚本如下：

import os
import pandas as pd

for root, dirs, files in os.walk(os.getcwd()):
    with open(os.path.join(root, 'genes.faa.genespercontig.csv', 'r')) as f1:
        df1 = pd.read_csv('f1', header=None, delim_whitespace=True, names = ["contig", "genes"]) 
        print(df1)

我确信该文件位于de子目录中，但是python为什么找不到它呢

除非“r”是名为“genes.faa.genespercontig.csv”目录中的文件，否则简单的语法错误。你的括号需要稍微调整一下：

...
with open(os.path.join(root, 'genes.faa.genespercontig.csv'), 'r') as f1:
...

此外，如果您说文件包含在子目录中，则可能需要在

os.walk

函数返回的

dirs

变量中循环子目录。我注意到您使用字符串

'f1'

传递给

pd.read\u csv

，但您可能希望打开文件对象。比如：

import os
import pandas as pd

for root, dirs, files in os.walk(os.getcwd()):
    for subdir in dirs:
        with open(os.path.join(root,subdir,'genes.faa.genespercontig.csv'),'r') as f1:
            df1 = pd.read_csv(f1, header=None, delim_whitespace=True, names = ["contig", "genes"])
            print(df1)

要仅尝试打开实际存在的文件，请使用：

...
filepath = os.path.join(root,subdir,'genes.faa.genespercontig.csv')
if os.path.isfile(filepath):
    with open(filepath, 'r') as f1:
...

---

我调整了它，但它仍然会给出一个错误，即它没有找到files@Gravel添加了更多细节。我不知道您的目录结构，因此未经测试，但基于您的问题中提供的详细信息是的，这是有效的。谢谢！如果我需要它；如果我有一个子目录不包含这个文件，你能告诉我怎么办吗？因为当我在子目录上循环时，脚本在子目录中找不到该文件，它将停止，并且我希望它比在下一个子目录中继续。@grade添加了代码，以便您仅尝试打开存在的文件