Python 生物附着体中的杆和肌肉

我在使用biopython时遇到问题，我有Python版本 我安装了biopython-1.61.win-amd64-py3.3 我想将DNA序列与

Clustalw

或

Muscle

对于

Clustalw:

from Bio.Clustalw import MultipleAlignCL

我得到以下错误：

No module named 'Bio.Clustalw'

stdout, stderr = muscle_cline()
  File "..\..\lib\site-packages\Bio\Application\__init__.py", line 434, in __call__
    shell=(sys.platform!="win32"))
  File "..:\..\lib\subprocess.py", line 818, in __init__
    restore_signals, start_new_session)
  File "..:\..\lib\subprocess.py", line 1096, in _execute_child
    raise WindowsError(*e.args)
FileNotFoundError: [WinError 2] The specified file is not found

肌肉：

>>> from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
>>> muscle_cline = MuscleCommandline(input="input.fasta")
>>> stdout, stderr = muscle_cline()

我得到以下错误：

No module named 'Bio.Clustalw'

stdout, stderr = muscle_cline()
  File "..\..\lib\site-packages\Bio\Application\__init__.py", line 434, in __call__
    shell=(sys.platform!="win32"))
  File "..:\..\lib\subprocess.py", line 818, in __init__
    restore_signals, start_new_session)
  File "..:\..\lib\subprocess.py", line 1096, in _execute_child
    raise WindowsError(*e.args)
FileNotFoundError: [WinError 2] The specified file is not found

---

首先，尝试从安装Biopython 1.63，它可能会解决一些问题

其次，确保您使用的是来自python.org的，如果在更新Biopython后仍然出现相同的错误，您可能希望再次运行安装程序，以确保没有任何文件被损坏

---

我发现这表明

Bio.Clustalw

已被弃用

此模块已被的Bio.AlignIO框架取代 对齐解析，以及中的ClustalW命令行包装器 用于调用该工具的Bio.Align.Applications。这两个都是描述的 在当前版本的Biopython教程和食谱中

这就解释了。对于

Bio.Align.Applications.MuscleCommandLine

，在其上运行

help（）

，给出了以下代码示例：

>>> from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
>>> muscle_exe = r"C:\Program Files\Aligments\muscle3.8.31_i86win32.exe"
>>> in_file = r"C:\My Documents\unaligned.fasta"
>>> out_file = r"C:\My Documents\aligned.fasta"
>>> muscle_cline = MuscleCommandline(muscle_exe, input=in_file, out=out_file)
>>> print(muscle_cline)
"C:\Program Files\Aligments\muscle3.8.31_i86win32.exe" -in "C:\My Documents\unaligned.fasta" -out "C:\My Documents\aligned.fasta"

---

因此，您的错误表明找不到正确的

muscle.exe

，因此您需要将其位置作为参数传递。

我可以先检查一下您是否安装了muscle和clustalw吗？（Clustal Omega是Clustal的最新版本，您可能希望使用它进行更快的对齐。）不，我没有安装muscle和clustalwGot。您需要安装这两个程序。BioPython不提供这些程序，它只提供包装器来访问这些程序。我的猜测是，一旦安装了这些程序，错误就会改变或消失。