Biopython是否有一个论据;排除未培养的样本”;及;“类型材料”的序列;?

Biopython是否有一个论据;排除未培养的样本”;及;“类型材料”的序列;?,python,bioinformatics,biopython,blast,ncbi,Python,Bioinformatics,Biopython,Blast,Ncbi,我正在使用biopython对细菌菌株进行爆炸搜索!然而!普通的blast搜索为我提供了所有的应变,但我只想要注释良好的应变(而不是普通查询附带的所有数据转储) 正常溶液: blast的浏览器版本允许您通过勾选两个复选框来排除“未培养/环境样本序列”以及“限制类型材料中的序列” 有没有办法使用Biopython实现这些选项 基本上,我想知道是否有额外的参数,我可以使用,这将给我的效果,浏览器版本给使用复选框 #我在做什么(和工作) 从Bio.Blast导入NCBIWWW my_query=NCB

我正在使用biopython对细菌菌株进行爆炸搜索!然而!普通的blast搜索为我提供了所有的应变,但我只想要注释良好的应变(而不是普通查询附带的所有数据转储)

正常溶液: blast的浏览器版本允许您通过勾选两个复选框来排除“未培养/环境样本序列”以及“限制类型材料中的序列”

有没有办法使用Biopython实现这些选项

基本上,我想知道是否有额外的参数,我可以使用,这将给我的效果,浏览器版本给使用复选框

#我在做什么(和工作)
从Bio.Blast导入NCBIWWW
my_query=NCBIWWW.qblast(“blastn”,“nt”,查询顺序)
#我想要像这样的东西
从Bio.Blast导入NCBIWWW
my_query=NCBIWWW.qblast(“blastn”,“nt”,查询顺序,排除='uncultured',limit_seqs_from_type_material=True)

简言之,没有,ncbi云查询也不会出现。您可能需要为此构建自己的自定义blast db谢谢您的回复!这是我担心的。我有目标位置项目(TLP)16S数据库和Greengenes数据库。你建议我将它们插入什么Blast样的工具?我不熟悉这些数据库,但你可以从任何FASTA序列集合中构建本地Blast数据库谢谢你的指导!我将在本周晚些时候对此进行拍摄,并让你知道它是如何工作的。简言之,不,还有ncbi云查询也不适用于此您可能需要为此构建自己的自定义blast db谢谢您的回复!这正是我所担心的。我有目标位置项目(TLP)16S数据库和Greengenes数据库。您建议我将它们插入什么样的Blast类工具?我不熟悉这些数据库,但您可以从任何FASTA序列集合中构建本地Blast数据库。谢谢您的指导!我将在本周晚些时候对此进行拍摄,并让您知道它是如何工作的。