Python 如何将creo-EM映射文件转换为三维数组

Python 如何将creo-EM映射文件转换为三维数组,python,arrays,3d,bioinformatics,correlation,Python,Arrays,3d,Bioinformatics,Correlation,为了计算相关性以找到未知蛋白质中氨基酸的最大匹配(crew EM map格式文件)-我需要将EM map格式文件转换为3D数组-操作可能的相关性,假设具有最大相关性的具有最佳匹配。我在项目中使用Python 我的问题:如何将EM贴图文件转换为三维密度阵列(即256x256x256体素)?您能否提供有关EM贴图格式的更多信息?快速搜索后我找不到它这里有一些关于EM图格式的解释,但我仍然无法解析它们:1)2)3)(下载文件->下载EM图)4)-密度类:处理电子显微镜密度数据-密度()--创建新的密度

为了计算相关性以找到未知蛋白质中氨基酸的最大匹配(crew EM map格式文件)-我需要将EM map格式文件转换为3D数组-操作可能的相关性,假设具有最大相关性的具有最佳匹配。我在项目中使用Python


我的问题:如何将EM贴图文件转换为三维密度阵列(即256x256x256体素)?

您能否提供有关EM贴图格式的更多信息?快速搜索后我找不到它这里有一些关于EM图格式的解释,但我仍然无法解析它们:1)2)3)(下载文件->下载EM图)4)-密度类:处理电子显微镜密度数据-密度()--创建新的密度图-密度。读取()--读取EM(电子显微镜)密度图文件-density.grid_search()--将结构对接到EM(电子显微镜)密度图这里它通常是什么样子的(灰色):我下载了1DYL的密度图,它是二进制的,所以不能用一个脚本来解析。您的EM映射文件是文本文件还是二进制文件?如果它们是二进制的,那么您将不得不使用一些现有的软件,如chimera或pymol或Modeler。如果你最终不得不使用其中一个程序,你可能会在其他论坛上找到更多帮助,因为这是程序使用的问题,而不是编码的问题。