Python 从np.random.multivariable_normal重建协方差矩阵时结果不准确

Python 从np.random.multivariable_normal重建协方差矩阵时结果不准确,python,numpy,pca,covariance,Python,Numpy,Pca,Covariance,我需要模拟二维正态分布的数据以及相关参数。为此,我使用了np.random.multivariable\u normal和一个协方差矩阵,该协方差矩阵将我的平方sigmas作为对角项,并将sigmas与其他地方的相关系数乘积(我希望这是生成具有相关性的数据的正确方法) 但恐怕我不知道如何从生成的数据中正确地重建协方差矩阵。 我试图用np.cov获得协方差矩阵,并试图将生成的数据简化为零均值形式,然后通过该数据的点积创建协方差矩阵 这是我的密码: import numpy as np from m

我需要模拟二维正态分布的数据以及相关参数。为此,我使用了
np.random.multivariable\u normal
和一个协方差矩阵,该协方差矩阵将我的平方sigmas作为对角项,并将sigmas与其他地方的相关系数乘积(我希望这是生成具有相关性的数据的正确方法)

但恐怕我不知道如何从生成的数据中正确地重建协方差矩阵。 我试图用
np.cov
获得协方差矩阵,并试图将生成的数据简化为零均值形式,然后通过该数据的点积创建协方差矩阵

这是我的密码:

import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt


class NormalDist:
    def __init__(self, *args):
        self.mu = args[:2]
        self.sigma = args[2:4]
        self.dist, self.cov = None, None

    def generate(self, rho=0., n=100):
        """ generate distributed data """
        self.cov = np.diag(np.array(self.sigma, np.float))
        self.cov = np.power(self.cov, 2)
        corr = rho * self.sigma[0] * self.sigma[1]
        self.cov[0, 1], self.cov[1, 0] = corr, corr
        self.dist = np.random.multivariate_normal(self.mu, self.cov, n)


if __name__ == '__main__':
    gauss = NormalDist(1, 2, 4, 9)
    gauss.generate(1/3)

    # covariance matrix from np.cov
    print(np.cov(gauss.dist.T), '\n')

    # covariance matrix from reducing data to zero-mean form
    zero_mean = gauss.dist - gauss.dist.mean(axis=0, keepdims=True)
    print(zero_mean.T @ zero_mean)
输出:

[[13.84078951  9.60607718]
 [ 9.60607718 79.33658308]] 

[[1370.23816181  951.00164066]
 [ 951.00164066 7854.32172506]]

您只需除以样本量,即:

def np_mv_cov(X):
    X = X - X.mean(axis=0, keepdims=True)
    return (X.T @ X) / (X.shape[0] - 1)
可以使用上述代码的简化版本进行测试:

import numpy as np

dist = np.random.multivariate_normal([1, 2], [[16, 12], [12, 81]], 100)

d = np.cov(dist.T) - np_mv_cov(dist)

print(np.max(np.abs(d)))
给我~1.42e-14