Python 单纯形裁剪图像

我想在Python3中使用SimpleTk裁剪3D图像

首先，加载图像并获取numpy数组

image_ct = sitk.ReadImage(path_ct, sitk.sitkInt16)
array_ct = sitk.GetArrayFromImage(image_ct)

然后我对数组数据进行裁剪

center = (200, 200, 200)
array_gt = array_gt[center[0]-50:center[0]+51, center[1]-50:center[1]+51, center[2]-40:center[2]+41]

现在我想从数组中创建一个sitk.Image并保存结果

def create_ref_image(image, size=(101, 101, 81), spacing=(0.97, 0.97, 0.97), dimension=3):

    ref_origin = np.zeros(dimension)
    ref_direction = np.identity(dimension).flatten()
    ref_image = sitk.Image(size, image.GetPixelIDValue())
    ref_image.SetOrigin(ref_origin)
    ref_image.SetSpacing(spacing)
    ref_image.SetDirection(ref_direction)

    return ref_image

ref_img = create_ref_image(image_ct)
cropped_img = sitk._SimpleITK._SetImageFromArray(np.ascontiguousarray(array_gt), ref_img)
sitk.WriteImage(cropped_img, "/DATA/exemple.nii")

但是我得到了这个错误

文件…/anaconda3/envs/objD/lib/python3.6/site-packages/simpletk/simpletk.py，第8207行，以书面形式显示 返回_simpletk.WriteImage*参数 ValueError:方法“WriteImage”中的null引用无效，参数1的类型为“itk:：simple:：Image const&”

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如何在python中使用SimpleTk裁剪图像？

事实证明，您可以直接在sitk.image上使用切片操作符

image_ct = image_ct[center[0]-50:center[0]+51, center[1]-50:center[1]+51, center[2]-40:center[2]+41]

sitk.WriteImage(image_ct, "/DATA/exemple.nii")

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事实证明，您可以直接在sitk.Image上使用切片操作符

image_ct = image_ct[center[0]-50:center[0]+51, center[1]-50:center[1]+51, center[2]-40:center[2]+41]

sitk.WriteImage(image_ct, "/DATA/exemple.nii")

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除了通过Python切片进行裁剪外，SimpleTk还具有裁剪函数和CropImageFilter

以下是裁剪功能的文档：

和CropImageFilter：

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该功能与切片相同，但如果您需要以相同的方式裁剪多个图像，则可以方便地为所有图像执行CropImageFilter对象。

除了通过Python切片进行裁剪外，SimpleIK还具有裁剪功能和CropImageFilter

以下是裁剪功能的文档：

和CropImageFilter：

该功能与切片相同，但如果需要以相同的方式裁剪多个图像，则可以方便地为所有图像执行CropImageFilter对象