Python 在多个并行样本上循环蛇行规则

我已经开始使用snakemake构建一个工作流，在一个样本列表上运行bwa mem。下面是我的配置文件结构和实际数据

sample1：
-参数：0
日志：/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/6e8c3cdf-1cad-4426-a005-91d3c4d5f691/sample1/sample1_fcl1_lane1_aln.log
名称：fcl1_lane1
输出：/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/6e8c3cdf-1cad-4426-a005-91d3c4d5f691/sample1/sample1_fcl1_lane1_aln.sam
参数：'-t1-M-R'@RG\tID:POP1\u L3\tPL:Illumina\tPU:D0AW3ACXX.3\tLB:POP1.TruSeq\tSM:POP1''
read1:/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/POP1_R1.fastq
read2:/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/POP1_R2.fastq
参考：/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/global\u space/NCBI37\u DECOY.fa
-参数：0
日志：/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/6e8c3cdf-1cad-4426-a005-91d3c4d5f691/sample1/sample1_fcl1_lane2_aln.log
名称：fcl1_lane2
输出：/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/6e8c3cdf-1cad-4426-a005-91d3c4d5f691/sample1/sample1_fcl1_lane2_aln.sam
参数：'-t1-M-R'@RG\tID:POP1\u L3\tPL:Illumina\tPU:D0AW3ACXX.3\tLB:POP1.TruSeq\tSM:POP1''
read1:/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/POP1_R1.fastq
read2:/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/POP1_R2.fastq
参考：/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/global\u space/NCBI37\u DECOY.fa
-参数：0
日志：/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/6e8c3cdf-1cad-4426-a005-91d3c4d5f691/sample1/sample1_fcl2_lane2_aln.log
名称：fcl2_lane2
输出：/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/6e8c3cdf-1cad-4426-a005-91d3c4d5f691/sample1/sample1_fcl2_lane2_aln.sam
参数：'-t1-M-R'@RG\tID:POP1\u L3\tPL:Illumina\tPU:D0AW3ACXX.3\tLB:POP1.TruSeq\tSM:POP1''
read1:/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/POP1_R1.fastq
read2:/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/user_2_animesh_singh21/file/POP1_R2.fastq
参考：/home/nsm/Desktop/nsm/nsm backend/media/global\u space/NCBI37\u DECOY.fa

sample1的每个条目都包含

['reference'，'read1'，'read2'，'output'，'log'，'params'，'name'，'argument']

我编写了以下snakefile来运行bwa mem：

sample_name=list（config.keys（））[0]
规则所有：
消息：“生成循环输出”
输入：
配置['output']
规则bwa_运行：
消息：“正在运行BWA MEM”
输出：[i['output']用于配置中的i[sample\u name]]
线程：4
运行：
对于配置[sample_name]中的i：
shell（f“bwamem{i['reference']}{i['read1']}{i['read2']}-t{threads}{i['params']}>{i['output']}2>{i['log']}”）

这项工作做得很好，但我知道事实上，这不会并行运行。for循环避免了这种情况。我需要帮助找出如何把它变成一个并行运行的蛇形文件

我试图通过查看stackoverflow中的一些其他答案来完成以下工作

通配符约束：
计数器=“\d+”
示例_name=list（config.keys（））[0]
def input_all（通配符）：
返回[
配置[sample_name][int（wildcards.counter）]['reference']，
配置[sample_name][int（wildcards.counter）]['read1']，
配置[sample_name][int（wildcards.counter）]['read2']，
]   
规则所有：
消息：“生成循环输出”
输入：
展开（“{output}{counter}”，counter=range（len（配置[sample_name]）），output=[i['output']表示配置[sample_name]]中的i）
规则bwa_运行：
消息：“正在运行BWA MEM”
输入：
全部输入
输出：“{output}{counter}”
运行：
shell（“bwamem{input}-t{threads}>{output}”）

它确实可以工作，但我需要在

规则all

中同时使用

{counter}

和

{output}

，如果没有这两个规则，我将无法访问

通配符。counter

。它还为

sample1

中的每个条目循环3次，并更改我的输出文件名。必须有更好的方法来做到这一点。 任何想法都将不胜感激。谢谢你

你需要进一步调查。您的配置不应该映射所有的值，像{output}{counter}这样的文件名将很难使用。对于3次复制，请尝试使用。如果您只使用bash命令，并且将输入函数放在更接近规则的位置，那么请使用shell指令。