Python 从.mha文件读取头信息

我只想从

.mha

文件中读取标题。理想情况下，它将为我提供与读取仅包含元数据的

.mhd

文件相同的功能。
我正在使用SimpleTk进行读取，虽然它可以很好地读取图像，但我特别想创建一个元数据字典。

.mha

基本上是将原始图像组合在一起的

.mhd

，但我找不到任何关于如何分离它们的规范。我在ITK文档中发现：

要跳过图像数据文件中的头字节，请使用

HeaderSize=X

其中X是读取图像数据之前要在文件开头跳过的字节数。如果您知道没有尾随字节（文件末尾的额外字节），则可以指定

HeaderSize=-1

MetaImage将自动计算数据文件中提取字节的数量，假设这些字节位于数据文件的头部，并在开始读取图像数据之前自动跳过这些字节

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但是我在SimpleTk中找不到这个功能。

SimpleTk有一个功能，允许您这样做，它通常用于DICOM和nifti文件格式。我使用它只读取MHD文件，而不将原始数据拉入内存：

导入路径库
将SimpleTk作为sitk导入
#使用pathlib，使其可以在任何操作系统上工作
mha_dir=pathlib.Path（“/you/files/location”）
mha_file=str（mha_dir.joinpath（mha_file））
#设置读卡器并获取文件信息
reader=sitk.ImageFileReader（）
SetFileName（mha#U文件）#将mha文件作为字符串提供给它
reader.LoadPrivateTagsOn（）#确保它可以获取所有信息
reader.ReadImageInformation（）#仅从文件中获取信息
#从这里，您可以解析出您想要的任何内容，就像SimpleTk图像一样
xdim，ydim，zdim=reader.GetSize（）#如果需要x，y，z
xres，yres，zres=reader.GetSpacing（）#如果需要图像分辨率，等等。
meta_keys=reader.GetMetaDataKeys（）
对于元密钥中的密钥：
打印（键）
打印（reader.GetMetaData（f'{key}'））

不幸的是，它并不能解决我的问题，因为我不想读取图像，我只想获得标题信息，而这里sitk没有在其元数据中显示，并且没有足够的

Get（）

函数来提取所有内容（例如解剖方向）。我的RAM从来不会使用此功能来爬升14 GB的文件，所以我不认为它会在文件中读取。如果您想要mha中存在的元数据，您可以使用reader.GetMetaDataKeys（），然后您可以通过reader.GetMetaData（'ITK_original_direction'）等运行它们。这就是这里的问题。SimpleTk不读取头信息。在发布到堆栈上之前，我首先尝试了您的方法，但它只返回一个关于使用MetaImageIO读取的元数据键，其他什么都没有。这真的很奇怪。我有5个可用的元数据密钥。你用什么来写mha文件？我想知道这是否与SimpleTk编写并识别的内容的格式有关。NIFTI文件格式或人类可读的MHD文件类型是否适用于您正在尝试的内容？如果没有，可能值得探索直接解析字节，这有点复杂。我试过使用nifti和dicom，它在那里工作，就像你描述的那样，但使用mha或mhd，我就是无法让它工作。也许我有一个奇怪的数据集。我试图直接解析字节，但我想出或找到的每一种方法都包括读取所有图像数据，由于性能原因，这是次优的（它将用于读取许多系列图像）