Python 在rpy2中绘制R函数曲线

我试图在rpy2中绘制一条简单的曲线

R中的曲线（（x））的行为符合预期，但我无法在rpy2中实现这一点

当我按顺序发出以下命令时：

import rpy2.robjects as ro
R = ro.r
R.curve(R.x) 

我得到的错误是，

AttributeError:'R'对象没有属性“x”

如何在python中访问

x

作为矢量化函数？（我可以发布

ro.r（'curve（（x）））

并按预期工作，但我需要能够将参数从python传递给curve函数）

更一般地说，我如何在本文的rpy2中绘制函数曲线：

编辑1

一些背景：

我试图绘制一条逆逻辑曲线：

invlogit = function(x){ + exp(x)/(1 + exp(x)) }

关于线性函数：

invlogit(coef(mod1)[1] + coef(mod1)[2]*x

其中coef（mod1）是我运行的GLM的系数

在R中，我可以执行以下操作：

plot(outcome~survrate, data = d, ylab = "P(outcome = 1 |
survrate)", xlab = "SURVRATE: Probability of Survival after 5
Years", xaxp = c(0, 95, 19))

curve(invlogit(coef(mod1)[1] + coef(mod1)[2]*x), add = TRUE)

我得到了预期的S形曲线

I python/rpy2，我得到了我的模型和系数：

formula = 'outcome~survrate'
mod1 = R.glm(formula=R(formula), data=r_analytical_set,   family=R('binomial(link="logit")'))
s = R.summary(mod1)
print(mod1)
print(R.summary(mod1))

策划

formula = Formula('outcome~survrate')
formula.getenvironment()['outcome'] = data.rx2('outcome')
formula.getenvironment()['survrate'] = data.rx2('survrate')
R.plot(formula, data=data, ylab = 'P(outcome =  1 | outcome)', xlab = 'SURVRATE: Probability of Survival after 5
Years", xaxp = c(0, 95, 19))

到目前为止还不错

然后，我从模型中得到我的系数：

a = R.coef(mod1)[0] 
b = R.coef(mod1)[1] 

然后尝试通过传入这些参数来运行曲线函数，但都没有用，尝试如下构造

R.curve(invlogit(a + b*R.x)) 

除此之外，我还试过很多其他方法，所有这些方法都很奇怪

首先，一个天真的问题：如果curve（）中的术语（x）是最后一个环境表达式的特殊R表示，我假设我应该能够通过python/rpy2以某种方式访问它

我知道它在曲线函数中的表示是101个元素的ListVector。我不明白它的意思，尽管它“是最后一个环境表达的一个特殊的R名称。”有人能详细说明一下吗？如果这是R中的一个对象，我是否应该至少通过低级接口不能访问它

或者，我实际上必须创建一个python函数

x

，将我的x，y元组表示为两个列表，然后将它们转换为ListVector，以便在函数中绘制曲线

第二：我应该不能在python中构造我的函数，

invlogit（a+b*x）

，并将其传递给R的曲线函数进行求值吗

我使用STAP库从R文件中读取

invlogit

：从rpy2.robjects.packages导入STAP

---

第三：我把事情复杂化了吗？我的目标是在尝试在python/rpy2中进行新的分析之前，重新创建我以前在R中使用python/rpy2进行的分析，以解决所有的特性。

只需传入一个实际的函数、调用或表达式，如

sin

，因为

x

在python中没有赋值。下面使用R文档中的示例：

曲线（sin，-2*pi，2*pi）

。另外，由于您要输出图形，请使用

grDevices

（内置R软件包）将图像保存到文件：

import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.packages import importr

grdevices = importr('grDevices')

grdevices.png(file="Rpy2Curve.png", width=512, height=512)
p = ro.r('curve(sin, -2*pi, 2*pi)')    
grdevices.dev_off()

或者，您可以定义

（x）

，正如您的链接所示：

grdevices.png(file="Rpy2Curve.png", width=512, height=512)
ro.r('''eq <- function(x) {x*x}''')
p = ro.r('curve(eq,1,1000)')            # OUTPUTS TO FILE
grdevices.dev_off()

p = ro.r('curve(eq,1,1000)')            # OUTPUTS TO SCREEN 

---

明白了，但是为什么

ro.r（'curve（（x）））

起作用，但是

ro.r.curve（ro.r.x）

会产生错误？如果我从R中做一个

str（curve（（x））

，我会得到：

列表2$x:num[1:101]0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08 0.09…$y:num[1:101]0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08…

，但在rpy2中，除非作为ro.R执行（'str（curve（（x）），否则会失败）.根据R的文档，

x

是一个矢量化数字函数（请参阅）…我应该能够以Pythonish的方式从rpy2访问这个函数，不是吗？更重要的是，在python中是否有类似于

ro.R.x

的方式访问

x

？您正在包装

ro.R（）

在第二条语句中两次，并且

x

不是一个变量。

curve（）

中的术语

（x）

是最后一个环境表达式的特殊R名称。访问

curve（）

的另一种方法是导入图形：

graphics=importr（'graphics'）；graphics.curve（…）

。尽我所能，我无法传递函数，希望包含该示例。我在python中使用GLM中的系数构建了一个相当复杂的公式，该公式将传递给曲线函数。我将使用它并发布结果。请参阅更新，将python变量传递到曲线调用的字符串值中。由y、 使用的

R.

限定符是什么？这是伪代码吗？它怎么能同时携带

.glm、.summary、.coeff、.curve、.plot的属性？一个神奇的对象！使用
robjects
，我收到
AttributeError:“module”对象没有属性“curve”
。
import rpy2.robjects as ro
ro.r('invlogit <- function(x){ + exp(x)/(1 + exp(x)) }')

p = ro.r('curve(invlogit({0} + {1}*x), add = TRUE)'.format(a,b))