如何使写入终端/文件的特定消息静音（通过bash脚本调用'；Rscript'；时）
我正在编写一个bash脚本（在Linux系统上从终端调用），它在使用一些简单的用户输入启动“rscript”之前创建一个日志文件。但是，我在控制日志文件中包含的消息（或发送到终端的消息）时遇到问题，无法找到排除一个特定R包加载消息的解决方案： 包装WGCNA 1.66已加载 换句话说，我需要一种方法（仅）使此特定消息静音，当WGCNA包成功加载时打印此消息 我会尽量保持代码的非特定性，希望它更容易遵循 下面的代码块是一个框架（不包括一些不相关的代码），后面是我尝试过的一些不同的变体。其中，最初我尝试使用sink（）和suppressPackageStartupMessages（）控制R脚本的输出，我认为这应该足够了 bash脚本：如何使写入终端/文件的特定消息静音（通过bash脚本调用'；Rscript'；时）,r,bash,file-io,error-logging,R,Bash,File Io,Error Logging,我正在编写一个bash脚本（在Linux系统上从终端调用），它在使用一些简单的用户输入启动“rscript”之前创建一个日志文件。但是，我在控制日志文件中包含的消息（或发送到终端的消息）时遇到问题，无法找到排除一个特定R包加载消息的解决方案： 包装WGCNA 1.66已加载 换句话说，我需要一种方法（仅）使此特定消息静音，当WGCNA包成功加载时打印此消息 我会尽量保持代码的非特定性，希望它更容易遵循 下面的代码块是一个框架（不包括一些不相关的代码），后面是我尝试过的一些不同的变体。其中，最初我
#!/usr/bin/env bash
read RDS
DATE=`date +%F-%R`
LOG=~/path/log/$DATE.log
touch $LOG
export ALLOW_WGCNA_THREADS=4
Rscript ~/path/analysis.R $RDS $DATE $LOG
#!/usr/bin R
# object set-up
rds.path <- "~/path/data/"
temp.path <- "~/path/temp/"
pp.data <- readRDS(paste0(rds.path, commandArgs(T)[1]))
file.date <- paste0(commandArgs(T)[2], "_")
# set up error logging
log.file <- file(commandArgs(T)[3], open="a")
sink(log.file, append=TRUE, type="message")
sink(log.file, append=TRUE, type="output")
# main pkg call
if(suppressPackageStartupMessages(!require(thePKG))){
stop("\nPlease follow the below link to install the requested package (thePKG) with relevant dependencies\n https://link.address")
}
# thePKG method call
cat("> Running "method"\n", append=TRUE)
module <- method(thePKG_input = pp.data, ppi_network = ppi_network)
# reset sink and close file connection
sink(type="message")
sink(type="output")
close(log.file)
#!/usr/bin/env bash
read RDS
DATE=`date +%F-%R`
LOG=~/path/log/$DATE.log
touch $LOG
export ALLOW_WGCNA_THREADS=4
Rscript ~/path/analysis.R $RDS $DATE $LOG
#!/usr/bin R
# object set-up
rds.path <- "~/path/data/"
temp.path <- "~/path/temp/"
pp.data <- readRDS(paste0(rds.path, commandArgs(T)[1]))
file.date <- paste0(commandArgs(T)[2], "_")
# set up error logging
log.file <- file(commandArgs(T)[3], open="a")
sink(log.file, append=TRUE, type="message")
sink(log.file, append=TRUE, type="output")
# main pkg call
if(suppressPackageStartupMessages(!require(thePKG))){
stop("\nPlease follow the below link to install the requested package (thePKG) with relevant dependencies\n https://link.address")
}
# thePKG method call
cat("> Running "method"\n", append=TRUE)
module <- method(thePKG_input = pp.data, ppi_network = ppi_network)
# reset sink and close file connection
sink(type="message")
sink(type="output")
close(log.file)
... require(thePKG, quietly=TRUE)
我还想知道WGCNA包是否加载到了“外部”！由于该调用不受suppressMessages（）的影响，因此需要Pkg的循环。但是，在if-require（thePKG）调用之前引入一个故意错误（该错误终止了进程）会删除该消息，这意味着该消息在循环内部启动。 我还尝试在R脚本开始时单独调用WGCNA，并在其中添加了suppressMessages（），但这也不起作用。 据我所知，bash脚本中使用的导出函数不会影响结果，删除它会扩展加载消息以包括以下内容（截断以节省空间）： 包装WGCNA 1.66已加载 重要提示：您的系统似乎支持多线程，但在R中的WGCNA中未启用该功能 要允许WGCNA中具有所有可用内核的多线程，请在R中使用allowWGCNAThreads（）。必要时使用disableWGCNAThreads（）禁用线程 （……）
我知道我可以将输出（仅）发送到/dev/null，但是还有其他输出打印到我仍然想要的文件（例如>运行“方法”） 是否有人对如何删除此邮件有建议？我对R语言编程非常陌生，刚开始使用Linux（UbuntuLTS），所以回答时请记住这一点 提前感谢。我可以从您的问题中收集以下执行流程：
Bash\u脚本R\u脚本输出到\u终端（可能还有一个日志文件）- -此命令帮助您搜索模式
- Pipe（|）-这是Linux中的一个操作符，它可以帮助您将一个命令的输出作为输入重定向到另一个命令，以便进一步处理（例如
）A | B - -此命令接受任何输入并将其转发到文件+标准输出（终端）
Rscript ~/path/analysis.R $RDS $DATE $LOG
|grep-vPackage WGCNAteeBash\u脚本R\u脚本输出到\u终端（可能还有一个日志文件）- -此命令帮助您搜索模式
- Pipe（|）-这是Linux中的一个操作符，它可以帮助您将一个命令的输出作为输入重定向到另一个命令，以便进一步处理（例如
）A | B - -此命令接受任何输入并将其转发到文件+标准输出（终端）
Rscript ~/path/analysis.R $RDS $DATE $LOG
|grep-vPackage WGCNAc）
tee-E