R 两个列表之间的重采样重叠

我有两个.txt文件。这两个文件都是字符串列表，每行一个字符串

GRIM1
PHOXA2
SLITRK4

两个文本文件都有约20000行长。我想从文件1中随机抽取500个字符串，从文件2中随机抽取700个字符串。 然后我想计算两个子集重叠的字符串数。
然后我想重复这个过程100次，并计算100次重采样中重叠这些子集的最小、最大和平均字符串数

我试图修改一些用于类似任务的代码，但出现了一个错误：

sample.int（长度（x）、大小、替换、prob）中存在错误： 当“replace=FALSE”时，无法获取大于总体的样本

该代码是：

listA <- read.csv(file="file1.txt", header=F)
listB <- read.csv(file="file2.txt", header=F)

listA <- as.character(listA) # to check that you really have a vector of gene names #maybe you have to do: listA <- as.character(listA)
listB <- as.character(listB) 

res <- rep(NA, 100) 
genesToDraw <- 500 # how many to select 
genesToDraw2 <- 700 # if you want to take different number from second list

for(i in 1:length(res)){

drawA <- sample(x=listA, size=genesToDraw, replace=FALSE)
drawB <- sample(x=listB, size=genesToDraw2, replace=FALSE) # or size=genesToDraw2

res[i] <- length(intersect(drawA, drawB))
}

hist(res, breaks=20)
table(res)
max(res)
sum(res > 5) # how often i

致以最良好的祝愿

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Rubal

正如我们所讨论的，首先，因为您需要字符串，所以在read.csv调用中将stringsAsFactors标志设置为false，这样您就不会弄乱因子

listA <- read.csv(file="file1.txt", header=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)
listB <- read.csv(file="file2.txt", header=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)

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listA
length（listA）
和
length（listB）
的输出是什么？检查listA和listB的类别。sample的第一个参数需要是一个向量或整数，这里很可能是一个数据帧。错误是x中的项目数小于您要采集的样本数，当replace=false类为字符时，不允许这样做。是列表长度为1。一定是这样。所以我应该把它们转换成向量？如果我将它们转换为整数，我将如何检查重叠，整数不代表它们的行号而不是字符串本身吗？@user964689在as.character调用之后，您能运行dput（listA）和dput（listB）并将这些结果发布到您的问题中吗？
listA <- read.csv(file="file1.txt", header=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)
listB <- read.csv(file="file2.txt", header=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)

listA<-listA[,1]
listB<-listB[,1]