向网络添加边权重。graphml

我使用不同的R包来生成我的网络（素食者、二分体、Hmisc、IGRAPHE）。最后，我将.graphml格式的网络导入Cytoscape 3.4.0。 然后我选择文件>导入>网络>文件。 我加载网络，我可以正确地可视化它，但是当我想看到边的权重时，它们丢失了（在边表中）。。。我的目标是根据边缘的重量调整边缘的宽度

当我在文本编辑器中查看graphml文件时，它不包含边权重。对我来说，这意味着在我的R管道中缺少一个步骤来将边值添加到graphml文件中

总结一下我的管道

> mat=rcorr(as.matrix(g)) #g is my OTU table
> matp=mat$P
> vec=p.adjust(matp,method="fdr")
> matpa=matrix(vec,nrow=100,ncol=100)
> matpa[matpa>.01]=0 
> matr=mat$r
> matr[(-0.6)<matr& matr<0.6]=0

我是R Studio的初学者，对igraph软件包中的所有功能都不太熟悉。我已经阅读了几次手册，但仍然不确定应该选择哪个功能

谢谢

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Alice

为了澄清，igraph网络看起来不错，但当写入

graphml

格式时，它会丢失边权重？准确地说。在某种程度上，当我生成graphml文件时，边权重并不跟随。谷歌很快发现了这个（）描述了边权重是以带有别名的graphml格式编码的，在本例中是

d1

。您需要共享graphml文件以便我们查看，最好是一个非常小的部分。谢谢！这是我在谷歌文档[link]上共享的一个文件

> matr2.c=as.matrix(matr2)
> net=graph.adjacency(matr2.c,weighted=T,mode="undirected",diag=F)
> net=delete.vertices(net,which(degree(net)<1)) 

> write.graph(net,"net.graphml",format=c("graphml"))