R 随时间变化的出生/死亡模型模拟

我正试图用一个出生-死亡模型绘制一张图表，显示一段时间内的物种数量。到目前为止，我看到的所有软件包和模型都不允许我输入物种的起始数量，这是有问题的，因为我的灭绝率高于我的物种形成率。 我对这个问题的数据是：； 物种形成率（或b）为0.0157 消光率（或d）为53.3。 起始物种数量=250000。 目前我已经尝试使用rbdtree和simbdtree。

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提前感谢您

假设您不需要生成的物种的系统发育树，只想知道随着时间的推移物种的数量，您实际上不需要一个包：代码相当简单（如果您知道要实现什么等式）

还假设您需要一个随机模拟模型

让我们简单地说，你只想知道物种形成或灭绝事件发生时的物种数量（这比在等间隔时间计算它们要容易一点）。假设人均突变率/物种形成率/出生率为

b

，人均死亡率/灭绝率为

d

（假设这些比率人均不变是相当标准的，如果你愿意，你可以做出其他假设）。然后，如果当前存在

s

物种，则事件的总发生率为

（b+d）*s

，下一个事件发生的概率为

b/（b+d）

。时间呈指数分布

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num_事件嗨，Ben，谢谢你的回复，真的很有帮助。我已经接受了你建议的代码，并对其进行了一些修改，但是我很难理解时间在刻度上的显示（我知道这可能非常简单，我的大脑只是在闪电战中）。以你的例子来说，5000年等于0.05吗？我只是问，因为这是我为比较物种数量随时间变化而创建的许多图表之一（其他图表产生不同的t值，即从0.00到0.01。感谢时间轴的单位与
b
和
d
的单位相同，无论它们是什么（您没有指定）。