R nls回归和存储输出系数和图

我试图按照以下建议制作可复制的数据：

在示例数据中，ID只有两个级别，而不是指示的150

我的nls看起来是这样的：

res.sample <- ddply (
  d, .(ID),
  function(x){
  mod <- nls(carbon~phi1/(1+exp(-(phi2 + phi3 * DAY))),
         start=list(
           phi1 = x$max.carb,
           phi2 = int[1], 
           phi3 = mean(x$g.rate.perc)),
         data=x,trace=TRUE)
 return(coef(mod))
}
)

顶部的樱桃将是实际数据和顶部拟合曲线的曲线图。手动与子集我也可以做到这一点，但它只是太耗时。 我的代码是

ggplot(data=n, aes(x = DAY, y = carbon))+ 
 geom_point(stat="identity", size=2) +
 geom_line( aes(DAY,predict(logMod) ))+
 ggtitle("ID")

如果包含三元组信息的ID不太有用，下面是如何将其返回到另一个版本

sep_sample <- sample %>% separate(ID, c("algae", "id", "nutrient"))

我希望这是你可以处理的，这是一个合理的问题。如果有一些页面已经提供了类似的解决方案，而我还没有找到，我会很乐意看一看

---

非常感谢

所以我提出了这个解决方案，这并不是我想要的全部，但我认为更进一步，因为它正在运行

coef_list <- list()
curve_list <- list()
for(i in levels(d$ALGAE)) {
for(j in levels(d$NUTRIENT)) {
dat = d[d$ALGAE == i & d$NUTRIENT == j,]

#int <- coef(lm(DAY~carbon,data=dat))

mod <- nls(carbonlog~phi1/(1+exp(-(phi2+phi3*DAY))),
           start=list(
             phi1=9.364,
             phi2=0,
             phi3= 0.135113),
           data=dat,trace=TRUE)
coef_list[[paste(i, j, sep = "_")]] = coef(mod)

plt <- ggplot(data = dat, aes(x = DAY, y = carbonlog)) + geom_point()+
  geom_line( aes(DAY,predict(mod) ))+
  ggtitle(paste(i,"RATIO",j,sep=" ")) + 
  theme.plot
curve_list[[paste(i, j, sep = "_")]] = plt
  }
}

但我收到一条错误消息：

Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (17): x, y

---

我只在使用对数转换的碳值时才得到消息。当我使用原始格式的碳元素时，它会绘制所有内容

真的，将

dput（yourdataframe）

的输出粘贴到问题中太困难了？“它开始占用太多时间”不是一个合理的借口。你可能会发现

library（nlme）；帮助（“nlsList”）

有用。我现在明白了我的错误，我使用了dput（head（df））而不仅仅是dput，所以我很抱歉，但是对于那些不经常使用代码的人来说，有时候事情并不那么明显，特别是当你在短时间内不断接收大量信息时。我现在将调整我的问题，我为这明显的死罪感到抱歉

sep_sample <- sample %>% separate(ID, c("algae", "id", "nutrient"))

Error in numericDeriv(form[[3L]], names(ind), env) : 
  Missing value or an infinity produced when evaluating the model 

coef_list <- list()
curve_list <- list()
for(i in levels(d$ALGAE)) {
for(j in levels(d$NUTRIENT)) {
dat = d[d$ALGAE == i & d$NUTRIENT == j,]

#int <- coef(lm(DAY~carbon,data=dat))

mod <- nls(carbonlog~phi1/(1+exp(-(phi2+phi3*DAY))),
           start=list(
             phi1=9.364,
             phi2=0,
             phi3= 0.135113),
           data=dat,trace=TRUE)
coef_list[[paste(i, j, sep = "_")]] = coef(mod)

plt <- ggplot(data = dat, aes(x = DAY, y = carbonlog)) + geom_point()+
  geom_line( aes(DAY,predict(mod) ))+
  ggtitle(paste(i,"RATIO",j,sep=" ")) + 
  theme.plot
curve_list[[paste(i, j, sep = "_")]] = plt
  }
}

curve_list[["ANK_1"]]

Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (17): x, y