R 使用gghighlight软件包标记点时如何保留图表图例

我有一个如下所示的数据框：

  rowname  Class Sec    ES.2um Mean_WPBs   ES.2um_ZS   Mean_ES  VWF_Sec    name
        1 Formin HAI 113.37340  147.1792  0.16078492 131.69309 112.5219  DIAPH1
        2 Formin PMA  43.90661  121.9017 -0.11594028  75.37296 137.4212    FMN2
        3 Septin HAI  64.32138  132.7591 -0.16218581  66.23765 150.9011 SEPTIN5
        4 Septin PMA  53.15791  145.7871 -0.86969449  81.92690 140.2647   LRCH3
        5 Arp2/3 PMA  68.67222  161.0516 -0.05404113  82.51804 158.2623   ARPC3
        6 Arp2/3 HAI  71.00643  149.0704 -0.38119473  82.91458 130.5494   WASF3

在“Sec”列中，行可以是“HAI”或“PMA”。我目前正在使用gghighlight识别一类蛋白质：

plot_ll <- ggplot(df, aes(ES.2um_ZS, VWF_Sec, col = Sec,)) + 
    geom_point(size = 2.5) + 
    geom_point(aes(col=Sec)) + 
    geom_point() + 
    labs (col="Secretaogue") + 
    xlim(-1.25,0.7) + ylim(70,178) + 
    scale_colour_manual(values=c("HAI" = "blue", "PMA" = "red")) + 
    gghighlight(Class == "Formin", use_direct_label = FALSE, label_key = name, unhighlighted_colour = alpha("green", 0.0)) + 
    ggtitle("Formin Proteins Highlighted") + 
    theme_bw() + 
    theme(plot.title = element_text(hjust =0.5)) + 
    xlab("Mean Exit Site Z-Score (Area >2um)") + ylab("Secretion") + 
    geom_hline(yintercept = mean_VWF, color = "black", linetype = "dashed") + 
    annotate("text", -1.2, 173, label="Mean", color = "black") + 
    geom_vline (xintercept = mean_ES.Z, color = "black", linetype = "dashed") + 
    annotate("text", 0.5, 70, label = "Mean", color = "black")

---

plot\u ll您如何使用
gghighlight
？我不相信它实际上是在突出显示通过设置
aes（col=Sec）
尚未实现的任何内容？因此它是基于蛋白质的“类别”进行突出显示的-在本例中为Formin-漂白点的alpha值设置为0，因为我不希望在本图表中看到它们。请提供一个示例。我提供的链接，将告诉你如何。我们没有
平均值VWF
和
平均值Z
。更重要的是，当我运行
gghighlight
line with
Class==“Formin”
时，我会得到有关
使用组的错误。您能否制作一个可复制的示例，并确保您在R的新会话中工作，这样您就不会最终不共享任何变量。您如何使用
gghighlight
？我不相信它实际上是在突出显示通过设置
aes（col=Sec）
尚未实现的任何内容？因此它是基于蛋白质的“类别”进行突出显示的-在本例中为Formin-漂白点的alpha值设置为0，因为我不希望在本图表中看到它们。请提供一个示例。我提供的链接，将告诉你如何。我们没有
平均值VWF
和
平均值Z
。更重要的是，当我运行
gghighlight
line with
Class==“Formin”
时，我会得到有关
使用组的错误。你能做一个可复制的例子，并确保你在一个新的R会话中工作，这样你就不会以不共享任何变量而告终。
plot_ll <- ggplot(df, aes(ES.2um_ZS, VWF_Sec, col = Sec,)) + 
    geom_point(size = 2.5) +
    geom_point(aes(col=Sec)) +
    geom_point() +
    labs (col="Secretaogue") +
    xlim(-1.25,0.7) + ylim(70,178) +
    scale_colour_manual(values=c("HAI" = "blue", "PMA" = "red")) +
    gghighlight(Class == "Formin", use_direct_label = TRUE, label_key = name, unhighlighted_colour = alpha("green", 0.0)) +
    ggtitle("Formin Proteins Highlighted") +
    theme_bw() +
    theme(plot.title = element_text(hjust =0.5)) +
    xlab("Mean Exit Site Z-Score (Area >2um)") +
    ylab("Secretion") + 
    geom_hline(yintercept = mean_VWF, color = "black", linetype = "dashed") + 
    annotate("text", -1.2, 173, label="Mean", color = "black") + 
    geom_vline (xintercept = mean_ES.Z, color = "black", linetype = "dashed") + 
    annotate("text", 0.5, 70, label = "Mean", color = "black")