如何在R中设置alpha？

我从R的硬币包装中得到：

  library(coin)
  library(multcomp)
  ### Length of YOY Gizzard Shad from Kokosing Lake, Ohio,
  ### sampled in Summer 1984, Hollander & Wolfe (1999), Table 6.3, page 200
  YOY <- data.frame(length = c(46, 28, 46, 37, 32, 41, 42, 45, 38, 44, 
                               42, 60, 32, 42, 45, 58, 27, 51, 42, 52, 
                               38, 33, 26, 25, 28, 28, 26, 27, 27, 27, 
                               31, 30, 27, 29, 30, 25, 25, 24, 27, 30),
                    site = factor(c(rep("I", 10), rep("II", 10),
                                    rep("III", 10), rep("IV", 10))))

  ### Nemenyi-Damico-Wolfe-Dunn test (joint ranking)
  ### Hollander & Wolfe (1999), page 244 
  ### (where Steel-Dwass results are given)
  NDWD <- oneway_test(length ~ site, data = YOY,
      ytrafo = function(data) trafo(data, numeric_trafo = rank),
      xtrafo = function(data) trafo(data, factor_trafo = function(x)
          model.matrix(~x - 1) %*% t(contrMat(table(x), "Tukey"))),
      teststat = "max", distribution = approximate(B = 90000))

  ### global p-value
  print(pvalue(NDWD))

  ### sites (I = II) != (III = IV) at alpha = 0.01 (page 244)
  print(pvalue(NDWD, method = "single-step"))

我想给alpha分配一个不同的值，我该怎么做

这不行

  library(coin)
  library(multcomp)
  ### Length of YOY Gizzard Shad from Kokosing Lake, Ohio,
  ### sampled in Summer 1984, Hollander & Wolfe (1999), Table 6.3, page 200
  YOY <- data.frame(length = c(46, 28, 46, 37, 32, 41, 42, 45, 38, 44, 
                               42, 60, 32, 42, 45, 58, 27, 51, 42, 52, 
                               38, 33, 26, 25, 28, 28, 26, 27, 27, 27, 
                               31, 30, 27, 29, 30, 25, 25, 24, 27, 30),
                    site = factor(c(rep("I", 10), rep("II", 10),
                                    rep("III", 10), rep("IV", 10))))

  ### Nemenyi-Damico-Wolfe-Dunn test (joint ranking)
  ### Hollander & Wolfe (1999), page 244 
  ### (where Steel-Dwass results are given)
  NDWD <- oneway_test(length ~ site, data = YOY,
      ytrafo = function(data) trafo(data, numeric_trafo = rank),
      xtrafo = function(data) trafo(data, factor_trafo = function(x)
          model.matrix(~x - 1) %*% t(contrMat(table(x), "Tukey"))),
      teststat = "max", distribution = approximate(B = 90000),
      alpha = 0.05)

  ### global p-value
  print(pvalue(NDWD))

  ### sites (I = II) != (III = IV) at alpha = 0.05 (default was 0.01) (page 244)
  print(pvalue(NDWD, method = "single-step"))

---

看起来您不能：单向_测试没有参数conf.level，而wilcox_测试和normal_测试有参数conf.level。这些都有文档记录，请参阅helponeway_测试。

看来您不能：oneway_测试没有参数conf.level，而wilcox_测试和normal_测试则没有参数conf.level。这些都有文档记录，请参阅helponeway_test。

alpha级别是硬编码的，固定为0.99。如果要更改，则必须下载软件包源代码，更改级别并编译软件包。级别在Methods.R文件中进行编码。搜索binom.test或conf.level

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您可以要求软件包作者更改软件包，以便自己设置级别。但是请记住，包作者没有义务这么做

alpha级别是硬编码的，固定为0.99。如果要更改，则必须下载包源代码，更改级别并编译包。级别在Methods.R文件中进行编码。搜索binom.test或conf.level

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您可以要求软件包作者更改软件包，以便自己设置级别。但是请记住，包作者没有义务这么做

但是他们说在最初的示例alpha=0.01中，如果我不能，他们怎么设置？这是开源的，所以我可以建议您阅读源代码吗？我只是简单地向您指出，文档化的接口不支持它。我已经下载并尝试读取源代码，但在源代码中没有提到匹配的命名变量/符号，因此我现在认为alpha可能在注释和代码中使用不同的名称。我没有查看源代码，但有时你会使用sigma而不是alpha。这并不是说alpha是sigma，但是你可以从一个转换到另一个。但是他们说在最初的例子alpha=0.01，如果我不能，他们怎么设置？这是开源的，所以我建议你阅读源代码？我只是简单地向您指出，文档化的接口不支持它。我已经下载并尝试读取源代码，但在源代码中没有提到匹配的命名变量/符号，因此我现在认为alpha可能在注释和代码中使用不同的名称。我没有查看源代码，但有时你会使用sigma而不是alpha。这并不是说alpha是sigma，但是你可以从一个转换到另一个。也许你应该改变这个问题的标题：“alpha”在R中可以表示不同数量的东西，例如，我想你说的是plot中点的透明度。conf.level会给出不同的值，但不同的alpha值也会给出不同的p值。更改conflevel值不会发生这种情况。应该有一些方法来改变alpha值sig.level也不起作用。请帮忙。也许你应该更改这个问题的标题：“alpha”在R中可能意味着不同数量的东西，例如，我想你说的是plot.conf.level中点的透明度会给我们一个不同的值，但不同的alpha值也会给我们不同的p值。更改conflevel值不会发生这种情况。应该有一些方法来改变alpha值sig.level也不起作用。所以，如果我想按预期将alpha设置为0.05，我需要将conf.levels更改为0.95？是吗？是的。置信水平是1-alpha，所以如果我想按预期将alpha设置为0.05，我需要将conf.levels更改为0.95？是吗？是的。置信水平为1-alpha