R 使用ggplot2的箱线图中未对齐的点

当我使用此数据集（）运行此ggplot2代码时

我得到这个情节：

看起来还不错。如您所见，我们有三组（红色、绿色、蓝色），各自的观察值与箱线图重叠

但是，如果我们关注左下角，那里不存在红色组，我们会看到蓝色和绿色点未对齐（在DC1、DC2和DC3中）。

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我如何编辑代码来解决这个问题？

看起来像geom\u boxplot和position\u jitterdodge对待NA的方式不同

这里有一个（不雅观的）解决方法：

1） 在df中创建一列，指定点的x位置：

library(ggplot2)
P4L_melt <- read.table('P4L_melt.txt')

P4L_melt$x <- as.numeric(gsub('DC', '', P4L_melt$variable))
P4L_melt$variable <- factor(P4L_melt$variable, levels = paste('DC', unique(P4L_melt$x), sep=''))
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='A'] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='A'] - 0.25
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'] + 0.25
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='B'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='B'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] - 0.2
P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] <- P4L_melt$x[P4L_melt$Species=='C'&P4L_melt$variable%in%c('DC1', 'DC2', 'DC3')] - 0.05

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好的，这是另一种尝试，可能是过度的：）

(一) 安装最新的ggplot2版本：

install.packages('tidyverse')
library('tidyverse')

(二) 从我的网站下载我的修改版position-dodge2.r及其依赖项position collide.r

(三) 将这些文件放在项目的工作目录中，然后：

source('position-collide.R')
source('position-dodge2.R')

4） 现在这段代码应该给你你想要的

ggplot(data=P4L_melt, aes(variable, y=value)) +
  geom_boxplot(aes(fill=Species), alpha=0.7) +
  geom_point(aes(colour=Species), position=position_dodge2(width=0.75), alpha=0.5)

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请在问题中添加数据我编辑了我的帖子，并提供了下载数据集@pogiba的链接，因为生成的图像肯定是我想要的。但是，您必须手动编辑代码才能实现它。我有30多个情节要画，每一个都有自己的特点。能不能用更自动的方式来描绘它们？它们有多“奇特”？它们有什么不同？很难做出100%的通用解决方案…哇！令人惊叹的！谢谢你的代码@frostell，它们工作得很好！他们解决了问题！很高兴它能起作用！请让我知道，如果有任何错误/意想不到的行为与国防部，我会尝试和修复它。。还对ggplot2回购进行了PR，让我们看看他们是否将其合并：）

source('position-collide.R')
source('position-dodge2.R')

ggplot(data=P4L_melt, aes(variable, y=value)) +
  geom_boxplot(aes(fill=Species), alpha=0.7) +
  geom_point(aes(colour=Species), position=position_dodge2(width=0.75), alpha=0.5)