R 重复采样中字符串出现次数的计数
我正在努力完成一道计算遗传学的家庭作业。当我已知的核苷酸频率（A，T，C，G）都是0.25，并且我对一个1000个字符长的字符串进行了1000次采样时，我需要计算二核苷酸“AA”出现的次数。最终确定“AA”二核苷酸的频率R 重复采样中字符串出现次数的计数,r,string,counter,R,String,Counter,我正在努力完成一道计算遗传学的家庭作业。当我已知的核苷酸频率（A，T，C，G）都是0.25，并且我对一个1000个字符长的字符串进行了1000次采样时，我需要计算二核苷酸“AA”出现的次数。最终确定“AA”二核苷酸的频率 SeqLength <- 1000 Nreps <- 1000 x <- c("A", "T", "C", "G") pi <- c(rep(0.25, 4)) counter <- 0 for (i in 1:Nreps){ X <
SeqLength <- 1000
Nreps <- 1000
x <- c("A", "T", "C", "G")
pi <- c(rep(0.25, 4))
counter <- 0
for (i in 1:Nreps){
X <- sample(x, SeqLength, replace=TRUE, pi)
for (j in 1:X - 1){
if (j == "AA"){
counter <- counter + 1
}
}
}
counter / Nreps
我似乎无法将我想在脑海中做的事情转化为功能代码。非常感谢任何帮助/指导/教训。谢谢 这里有一个方法。您可以使用
replicateNreps“A”SeqLength这里有一个方法。您可以使用replicate
执行采样Nreps
次数。对于每个取样序列，检查每个位置及其后面位置的核苷酸是否为“A”
，并将结果逻辑相加以获得计数
SeqLength如果你的X
是AAA
，你有一个AA
还是两个AA
？问得好。假设2.如果你的X
是AAA
，你有一个AA
还是两个AA
？好问题。让我们说2。谢谢你！我理解你上面解释的一切。唯一让我好奇的是为什么用42做种子？明白了。非常感谢。非常感谢。我理解你上面解释的一切。唯一让我好奇的是为什么用42做种子？明白了。非常感谢。
Error in 1:X : NA/NaN argument
In addition: Warning messages:
1: In 1:X : numerical expression has 1000 elements: only the first used
2: In 1:X : NAs introduced by coercion