Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/84.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
R 如何在ggplot中绘制水平置信区间?_R_Ggplot2 - Fatal编程技术网

R 如何在ggplot中绘制水平置信区间?

R 如何在ggplot中绘制水平置信区间?,r,ggplot2,R,Ggplot2,我正在尝试使用ggplot2在绘图上绘制水平置信区间。下面是我正在使用的数据帧的一些相关列的head()。我需要在每个tbl$logFC和从tbl$CI\u L到tbl$CI\u R的水平辅助间隔处绘制点 > head(tbl[,c('logFC', 'CI_L', 'CI_R', "adj_P_Value","gene",'Group1','Group2', 'Study_ID')]) logFC CI_L CI_R adj_P_Value g

我正在尝试使用
ggplot2
在绘图上绘制水平置信区间。下面是我正在使用的数据帧的一些相关列的
head()
。我需要在每个
tbl$logFC
和从
tbl$CI\u L
tbl$CI\u R
的水平辅助间隔处绘制点

> head(tbl[,c('logFC', 'CI_L', 'CI_R', "adj_P_Value","gene",'Group1','Group2', 'Study_ID')])
        logFC        CI_L       CI_R adj_P_Value  gene             Group1                   Group2 Study_ID
1 -0.09017596 -0.43955752 0.25920561           1 CD244               Male                   Female  GSE2461
2  0.08704844 -0.26134341 0.43544028           1 CD244 ulcerative colitis irritable bowel syndrome  GSE2461
3 -0.03501474 -0.12677636 0.05674688           1 CD244   nonlesional skin            lesional skin GSE27887
4  0.01096914 -0.08064105 0.10257932           1 CD244       pretreatment            posttreatment GSE27887
5 -0.03707265 -0.12407201 0.04992672           1 CD244         Infliximab         Before treatment GSE42296
6  0.07644834 -0.02849309 0.18138977           1 CD244          Responder             Nonresponder GSE42296
以下是我目前的代码:

p <- ggplot(data = tbl) +
  geom_point(aes(x = logFC, y = paste(Study_ID,"\n",Group2," \U2192 ",Group1,sep = ""))) +
  geom_vline(xintercept = log(0.5,2)) +
  geom_vline(xintercept = log(2/3,2)) +
  geom_vline(xintercept = log(1.5,2)) +
  geom_vline(xintercept = log(2,2)) +
  geom_hline(yintercept = hLines) +
  labs(title = tbl$gene, y = "Contrasts", x = bquote(~Log[2]~'FC'))

  #geom_errorbarh(aes(y = ???, x = logFC, xmin = logFC - CI_L, xmax = logFC + CI_R))

p第一件事。从内部
aes
调用中删除所有
tbl$
,以避免令人讨厌的意外。在
ggplot
调用中指定data.frame。尝试以何种方式使用
coord\u flip()
?@MrSnake?请提供一个示例,说明它是如何工作的,而不仅仅是一个建议。@Roland做了您建议的那些更改。当您使用
ggstance::geom_errorbarh
时,到底有什么不起作用?它可以从
ggplot(…)
调用中继承
x
y
美学,因此将它们从
geom\u点向上移动。那它应该很好用。首先要做的事。从内部
aes
调用中删除所有
tbl$
,以避免令人讨厌的意外。在
ggplot
调用中指定data.frame。尝试以何种方式使用
coord\u flip()
?@MrSnake?请提供一个示例,说明它是如何工作的,而不仅仅是一个建议。@Roland做了您建议的那些更改。当您使用
ggstance::geom_errorbarh
时,到底有什么不起作用?它可以从
ggplot(…)
调用中继承
x
y
美学,因此将它们从
geom\u点向上移动。那它就可以正常工作了。