R 在序列中定位不同的模式

如果我想在一个序列中找到两种不同的模式，我该怎么做 例如：

模式是

pattern=c("ATGC","AAGG")

我该如何在序列中同时找到这两种模式

我还想找到这些模式的位置，例如模式位置是1,4和5,8

---

有人能帮我吗？

您可以尝试使用

stringr

库执行以下操作：

seq = "ATGCAAAGGT"
library(stringr)
str_extract_all(seq, 'ATGC|AAGG')
[[1]]
[1] "ATGC" "AAGG"

---

在不知道您需要什么输出的情况下，这是我目前所能提供的最好的输出。

您可以尝试使用

stringr

库执行以下操作：

seq = "ATGCAAAGGT"
library(stringr)
str_extract_all(seq, 'ATGC|AAGG')
[[1]]
[1] "ATGC" "AAGG"

---

在不知道您需要什么输出的情况下，这是我目前所能提供的最好结果。

假设您的序列文件只是序列向量：

seq.file <- c('ATGCAAAGGT','ATGCTAAGGT','NOTINTHISONE')

假设序列向量是数据帧

d

中的一列，它还包含一列ID值：

id <- c('s1','s2','s3')
d <- data.frame(id,seq.file)
colnames(d) <- c('id','sequence')

以下for循环可以返回序列中每个模式的位置列表：

require(stringr)

for(i in 1: length(d$sequence)){
    out <- str_locate_all(d$sequence[i], pattern)
    first    <- c(out[[1]])
    first.o  <- paste(first[1],first[2],sep=',')
    second   <- c(out[[2]])
    second.o <- paste(second[1],second[2], sep=',')
    print(c(first.o, second.o))
}
[1] "1,4" "6,9"
[1] "1,4" "6,9"
[1] "NA,NA" "NA,NA"

require（stringr）
用于（1中的i：长度（d$序列））{
out假设序列文件只是序列向量：

seq.file <- c('ATGCAAAGGT','ATGCTAAGGT','NOTINTHISONE')

假设序列向量是数据帧
d
中的一列，它还包含一列ID值：

id <- c('s1','s2','s3')
d <- data.frame(id,seq.file)
colnames(d) <- c('id','sequence')

以下for循环可以返回序列中每个模式的位置列表：

require(stringr)

for(i in 1: length(d$sequence)){
    out <- str_locate_all(d$sequence[i], pattern)
    first    <- c(out[[1]])
    first.o  <- paste(first[1],first[2],sep=',')
    second   <- c(out[[2]])
    second.o <- paste(second[1],second[2], sep=',')
    print(c(first.o, second.o))
}
[1] "1,4" "6,9"
[1] "1,4" "6,9"
[1] "NA,NA" "NA,NA"

require（stringr）
用于（1中的i：长度（d$序列））{
out使用
stringr
查找起始和结束位置如何：

library(stringr)
seq <- "ATGCAAAGGT"
pattern <- c("ATGC","AAGG")
str_locate_all(seq, pattern)

#[[1]]
#     start end
#[1,]     1   4
#
#[[2]]
#     start end
#[1,]     6   9

库（stringr）
seq使用
stringr
查找起始和结束位置如何：

library(stringr)
seq <- "ATGCAAAGGT"
pattern <- c("ATGC","AAGG")
str_locate_all(seq, pattern)

#[[1]]
#     start end
#[1,]     1   4
#
#[[2]]
#     start end
#[1,]     6   9

库（stringr）
你想提取它们，或者确定它们的存在，或者确定它们在序列中的位置？你说的“找到这些模式的位置”是什么意思？你的意思是，哪些行号有这些模式？等等，位置1,4和6,9不是吗？在“ATGC”和“AAGG”之间有一个A你想提取它们，或者确定它们的存在，或者确定它们在序列中的位置？你说的“找到这些模式的位置”是什么意思？你的意思是，哪些行号有这些模式？等等，位置1,4和6,9不是吗？在“ATGC”和“AAGG”之间有一个A除了str_locate_all，还有其他方法识别模式吗？@shrinirajesh为什么不使用它？除了str_locate_all，还有其他方法识别模式吗？@shrinirajesh为什么不使用它？