R 如何绘制具有显著水平的箱线图？

不久前，我问了一个关于绘制箱线图的问题

我有3个不同组（或标签）的一些数据。我可以使用以下R代码获得箱线图

library(reshape2)
library(ggplot2)

morphData <- read.table(".\\TestData3.csv", sep=",", header=TRUE);
morphData.reshaped <- melt(morphData, id.var = "Label")

ggplot(data = morphData.reshaped, aes(x=variable, y=value)) + 
  + geom_boxplot(aes(fill=Label))

library（重塑2）
图书馆（GG2）
morphData我不太明白你所说的具有显著级别的箱线图是什么意思，但这里有一个建议，建议你如何生成这些条线：我将解决这个问题，用条线的坐标构造小数据帧。这里有一个例子：

pp <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) + geom_boxplot()
df1 <- data.frame(a = c(1, 1:3,3), b = c(39, 40, 40, 40, 39))
df2 <- data.frame(a = c(1, 1,2, 2), b = c(35, 36, 36, 35))
df3 <- data.frame(a = c(2, 2, 3, 3), b = c(24, 25, 25, 24))

pp + geom_line(data = df1, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 2, y = 42, label = "*", size = 8) +
     geom_line(data = df2, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 1.5, y = 38, label = "**", size = 8) +
     geom_line(data = df3, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 2.5, y = 27, label = "n.s.", size = 8)

pp我知道这是一个老问题，DatamineR的答案已经为这个问题提供了一个解决方案。但我最近创建了一个ggplot扩展，它简化了添加重要性条的整个过程：

您只需添加一个图层
geom\u符号
，而不是繁琐地将
geom\u线
和
注释
添加到绘图中：

library(ggplot2)
library(ggsignif)

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + 
  geom_boxplot() +
  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")), 
              map_signif_level=TRUE)


该软件包的完整文档可在以下位置获得。
注释是否为您所需的“重要性”，有时与p值一起出现的重要性代码，如
summary.lm
？在给定的背景下，零假设对每一对都是相等的？ggplot是您的要求吗？谢谢您的回答！然而，如果你的ggplot有fill=factor（cyl），这就不起作用了。例如，你知道为什么会出现这种情况吗？@par你把它放在哪里了？如果你把它放在
geom_盒形图（aes（fill=factor（cyl）））
中，它就可以工作了……你必须在各个geom中添加fill或color，而不是在对ggplot的主调用中；否则，ggplot将把aes（）参数作为全局参数，并且在随后对geom的调用中找不到它。谢谢你的回答，虽然，它被证明是超级容易做！