R：将变量从R传递到unix

我正在通过bash脚本运行一个R脚本，并希望将R脚本的输出返回到bash脚本，以便在那里继续使用它

狂欢节是这样的：

#!/bin/bash
Rscript MYRScript.R
a=OUTPUT_FROM_MYRScript.R
do sth with a

for(i in 1:5){
i
sink(type="message")
}

R脚本是这样的：

#!/bin/bash
Rscript MYRScript.R
a=OUTPUT_FROM_MYRScript.R
do sth with a

for(i in 1:5){
i
sink(type="message")
}

我希望bash同时处理R中的一个变量，这意味着：bash接收I=1并处理它，当任务完成时，接收I=2，依此类推

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有什么办法吗？

这里是MYRScript.R：

for(iter in 1:5) {
  cat(iter, ' ')
}

下面是您的

bash

脚本：

#!/bin/bash

r_output=`Rscript ~/MYRscript.R`

for iter in `echo $r_output`
do
    echo Here is some output from R: $iter
done

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一个选项是使用

#使R脚本可执行/usr/bin/env Rscript

（设置可执行位；例如

chmod 0755 myrscript.r

，

chmod+x myrscript.r

，等等），并将其与任何其他命令一样处理，例如将结果分配给以下数组变量：

myrscript.r

#!/usr/bin/env Rscript
cat(1:5, sep = "\n")

mybashscript.sh

#!/bin/bash
RES=($(./myrscript.r))
for elem in "${RES[@]}"
do
  echo elem is "${elem}"
done

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您希望构造一个从正在运行的R脚本到另一个shell命令的管道。是吗？是的，但是从R到unix，而不是unix到RI，您希望使用R输出（文件名）直接在bash中使用来修改另一个文件。在我看来这样更容易？奇怪的是，在运行您的解决方案时，我得到了一个权限被拒绝（对于myrscript.r）错误。知道为什么吗？先做一个

chmod 0755 myrscript.r

，@gugy抱歉，我在回答中有点掩饰了这一点；谢谢你，德克。