R 如何重新排列Plot_成分微生物组的结果

R 如何重新排列Plot_成分微生物组的结果,r,ggplot2,R,Ggplot2,我得到了一个不同门类的情节组合,分类如下: pseq <- Merge_Final_pourcent %>% aggregate_taxa(level = "Phylum") ps1.com.fam <- microbiome::aggregate_top_taxa(pseq, "Phylum", top = 11) ps1.com.fam.rel <- microbiome::transform(ps1.com.fam, &quo

我得到了一个不同门类的情节组合,分类如下:

pseq <- Merge_Final_pourcent %>% aggregate_taxa(level = "Phylum")
ps1.com.fam <- microbiome::aggregate_top_taxa(pseq, "Phylum", top = 11)
ps1.com.fam.rel <- microbiome::transform(ps1.com.fam, "compositional")

svg(file="phylum.svg")
plot_composition(ps1.com.fam.rel) + theme(legend.position = "bottom") +
  scale_fill_brewer("Phylum", palette = "Paired") + theme_bw() +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90)) +
  ggtitle("Relative abundance") + theme(legend.title = element_text(size = 18))
dev.off()
pseq%聚合分类群(level=“门”)

ps1.com.fam我的建议是尝试使用
因子
对水平进行重新排序。也许这会有帮助

  essainoo <- subset(essai, essai$Phylum!="Other")
  neworder <- c(unique(essainoo$Phylum),"Other")
  
  essai$Phylum <- factor(essai$Phylum, levels=neworder)
essainoo
  essainoo <- subset(essai, essai$Phylum!="Other")
  neworder <- c(unique(essainoo$Phylum),"Other")
  
  essai$Phylum <- factor(essai$Phylum, levels=neworder)